Replicació i transcripció.

Per treballar el Dogma Central de la Biologia Molecular, avuí començarem amb els processos de replicació i transcripció de l’ADN i el concepte d’empaquetament.

Per fer-ho heu de completar les següents activitats en un document de text i en acabar feu-me’l arribar al correu.

La majoria de les activitats estan adaptades del projecte Biologia en context

  1. Ordeneu per nivell de complexitat de l’organització els següents conceptes, ajudeu-vos d’aquesta web o l’animació de sota: Gen, Individu pluricel·lular, teixit, hèlix de DNA, cèl·lula, genoma, cromatina, nucleòtids, òrgan, base nitrogenada, nucli
  2. Feu una ullada al vídeo i a l’animació sobre l’empaquetament del DNA, a continuació escriviu una descripció en 10 línies de com té lloc aquest empaquetament. Podeu capturar imatges que us ajudin en la vostra descripció. Assegureu-vos que la vostra descripció és completa, per exemple, no podeu deixar d’explicar quina relació té la cromatina amb el DNA o de quines molècules estan formats els nucleosomes.
  3. Centrant-nos en la replicació, feu una ullada a aquesta animació i, després, captureu les imatges d’aquesta pàgina. Escriviu al costat d’elles una petita descripció del que hi passa. En la primera vinyeta, afegiu-hi la definició de la duplicació del DNA i quina funció té cadascun dels enzims en aquest procés. Poseu en les molècules del DNA el sentit del filament. Ajudeu-vos d’aquest vídeo o de les animacions de John Hopkins o Wiley.
  4. Llegeix el PDF sobre les evidències de la replicació semiconservativa i contesta les qüestions
  5. Repetiu el procés de l’activitat 3, però ara amb el procés de transcripció. En aquesta pàgina trobareu les vinyetes i en aquesta l’animació. Teniu més informació en aquestes animacions de John KyrkPhSchool o la Universitat de Nebraska.
  6. Modificacions post-transcripcionals. Modificacions post-transcripcionals. Un cop ha estat sintetitzat, l’ARNm ha de patir un seguit de modificacions postranscripcionals durant les quals s’afegiran una sèrie de components, com ara un caputxó metilat i una cua d’adenines a la cadena polinucleotídica. En aquesta animació podeu visualitzar el procés (si no queda clara, podeu accedir a una traducció). Acabat aquest procés, es retiraran certs segments de l’ARNm que no codifiquen per proteïnes: els introns. Podeu veure cóm es fa i els elements que intervenen (també hi ha traducció). Teniu més informació ací i ací. Completeu al vostre document les dues activitats d’aquesta pàgina.
  7. Completeu el següent test i expliqueu el paper que desenvolupen la regió iniciadora i terminadora del ADN.

Tot seguit més enllaços per ampliar informació, a més dels de l’entrada anterior…

  • Podeu visualitzar diverses molècules fent servir el Biomodel, en concret els àcids nucleics i entre d’elles nucleòtids, DNA o RNA
  • A la pàgina de l’IES Josep Miquel i Guàrdia trobareu més animacions sobre els diversos processos. I també al blog d’Àngels.
  • Més activitats en les pàgines de Nclark, Pearson o
  • A banda de reproduir aquest model de la molècula d’ADN o avançar el proper procés jugant amb el codi genètic.

[kml_flashembed movie="http://www.youtube.com/v/X6bdNCuK-zw" width="425" height="350" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www.pbs.org/wgbh/nova/photo51/media/journey.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://berosus.org/naturals/Activitats/genetica/genetic/replicacio%20bidireccional.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www.stolaf.edu/people/giannini/flashanimat/molgenetics/dna-rna2.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www.stolaf.edu/people/giannini/flashanimat/molgenetics/transcription.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

Activitats dieta saludable, dieta equilibrada de CMC

Després de plantejar-nos inicialment els efectes dels hàbits en l’alimentació amb les activitats de SuperSizeMe, reflexionarem ara sobre l’efecte dels transtorns alimentaris a partir del visionat del programa 21 dies sense menjar, per acabar el bloc treballant sobre la nostra pròpia dieta.

Des d’aquest enllaç heu de baixar-vos les activitats en PDF, tot i que per a completar-les heu de començar fent un seguiment -i prenent nota al llarg d’una setmana- dels aliments que ingeriu al llarg del dia, com indica l’activitat número cinc.

Altra informació relativa les activitats:

[kml_flashembed movie="http://ntic.educacion.es/w3//eos/MaterialesEducativos/mem/nutricion/indice2.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[slideshare id=954168&doc=alimentaci-i-nutrici-1232988030542575-1]

[slideshare id=1112224&doc=alimentacio-090306144545-phpapp01]

Aplicacions bioinformàtiques i proteïnes

Per anar enllaçant la unitat de proteïnes amb la d’àcids nucleics, anem practicant la relació entre codi genètic i protèic.

Ho farem a partir d’una pràctica de bioinformàtica i genètica de la UAB i -amb un nivell més avançat- de l’estudi de doctorat sobre bioinformàtica i proteïnes del IMB del CSIC. Per si algú vol idees per al treball de recerca 😉

Dels diferents exercicis i problemes relacionats amb l’ús d’eines bionformàtiques, heu de contestar les qüestions de l’exercici 1 per cercar informació sobre una seqüència coneguda d’ADN. I sobre l’estructura de les proteïnes, l’exercici 7 del curs on-line de l’IMB del CSIC.

Per contestar el primer exercici fareu servir el programa del NCBI Basic Local Alignment Search Tool BLASTn per cercar seqüències semblants a la problema. Teniu més informació sobre el programa ací o ací. Altra versió del programa més senzilla des de la Universitat de Kyoto.

Per al segon exercici haureu de visitar el portal Uniprot de l’EBI. Sobre proteïnes, també podeu consultar l’extensa base de dades del ExPASy o del BLASTp.

Pel mateix preu, teniu una repassada a les proteïnes i el codi d’una o tres lletres de les equivalències dels aminoàcids.

[slideshare id=1196975&doc=bioinformaticaproteinas-090325115928-phpapp01]

Introduint les proteïnes i la seva estructura

Nivells estructurals de les proteïnes
Nivells estructurals de les proteïnes

Tot seguit teniu els objectius  i uns enllaços per introduir la unitat de les proteïnes. A sota de tot trobareu la primera tasca que heu d’elaborar.

Pel que respecta als objectius, en acabar la unitat haurieu de:

  • Diferenciar l’estructura comuna dels aminoàcids
  • Explicar com es forma l’enllaç peptídic
  • Explicar els diferents nivells d’organització de les proteïnes
  • Explicar com la seqüència d’aminoàcids determina la conformació tridimensional de les proteïnes
  • Relacionar els canvis estructurals causats per la desnaturalització de les proteïnes amb la pèrdua de la seva funció biològica
  • Raonar la importància biològica dels enzims
  • Explicar de manera clara i senzilla el mecanisme de l’acció enzimàtica
  • Conèixer alguns factors que modifiquen l’acció enzimàtica
  • Relacionar els efectes dels factors que modifiquen l’activitat enzimàtica amb les modificacions dels enzims a nivell molecular
  • Identificar, mitjançant proves de laboratori, proteïnes.

Per anar introduint el coneixement de les proteïnes i completar l’activitat Investigant proteïnes a la xarxa( PDF),  us adjunte un seguit d’enllaços: Continue reading Introduint les proteïnes i la seva estructura

Enllaços unitat 6 Moviment

Corredor de Peter Jansen
Corredor de Peter Jansen

A sota teniu alguns dels enllaços que farem servir en la unitat de Moviment que comencem.

Valorant el pH

Escala de pH ambiental
Escala de pH ambiental

Per completar la vaoració del pH que hem fet avui, us adjunte alguns enllaços per ampliar la formació.

  • Algun dels enllaços ja estaven en aquesta entrada anterior.
  • Com l’animació del John Kyrk per fer-vos una idea del procés.
  • El portal pH-meter amplia la informació seobre mesures i parells de mesura.
  • Una mica de teoria -relacionant-la amb la pluja àcida-,  des de l’IES La Bisbal.
  • Un simulador, que us permetra fer prediccions i contrastar-les. També hi ha un pHímetre.
  • Altre simulador, més complet, sobre l’escala de pH i solucions àcid-base.
  • I per avaluar-vos, uns quants problemes resolts  d‘àcids i bases i estudis de casos clínics, per practicar l’efecte bioquímic del pH.
  • Ara ja esteu capacitats per cuinar uns bons ous verds i llimonades vermelles seguint la recepta del Pepquímic. 😉

[kml_flashembed movie="http://www.johnkyrk.com/pH.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www.bgfl.org/bgfl/custom/resources_ftp/client_ftp/ks3/science/acids/flash/universal.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www.chem.iastate.edu/group/Greenbowe/sections/projectfolder/flashfiles/acidbasepH/ph_meter.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

Immunitat i resposta immunitària

Resposta immunitària específica
Resposta immunitària específica

Us adjunte diversos enllaços amb recursos per a dur a terme les tasques El cos es defensa sobre immunologia i sistema immunitari:

Potencial d’acció i transmissió de l’impuls nerviós

Potencial dacció
Potencial d'acció

Sobre el potencial d’acció i la transmissió de l’impuls nerviós hi ha abundant informació a la xarxa, ací teniu una petita selecció d’eines.

[kml_flashembed movie="http://outreach.mcb.harvard.edu/animations/actionpotential.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://bcs.whfreeman.com/thelifewire/content/chp44/4402s.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www.sumanasinc.com/webcontent/animations/content/actionpotential.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www.santillana.cl/bio3/swf/actividad1.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www.santillana.cl/bio3/swf/actividad2.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www.youtube.com/v/nrTDY-SzQ7E" width="425" height="350" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www.youtube.com/v/70DyJwwFnkU" width="425" height="350" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www.youtube.com/v/CepeYFvqmk4" width="425" height="350" wmode="transparent" /]

Enllaços la Terra tremola, terratrèmols i dinàmica terrestre

Ones sísmiques

Per a poder completar les activitats la Terra tremola, els terratrèmols i la dinàmica terrestre, ací teniu un seguit d’enllaços:

Elements bàsics dun sismeIntensitat i magintud d'un sisme

Continue reading Enllaços la Terra tremola, terratrèmols i dinàmica terrestre

Enllaços unitat la matèria per dins

Us adjunte alguns enllaços d’articles anteriors sobre la unitat que engeguem: