Preparant digitalment la dissecció del cor

Per anar fent boca i preparar i/o repassar la pràctica de la dissecció del cor, us adjunte un seguit de recursos, vídeos i una animació:

[youtube] http://www.youtube.com/watch?v=960_mAShiXQ[/youtube]

[youtube]http://www.youtube.com/watch?v=Vr-DAhgq75w[/youtube]

[youtube]http://www.youtube.com/watch?v=zI5pn87t2To[/youtube]

 

Visualitzant l’escala del Sistema Solar

A l’hora de treballar aspectes sobre l’Univers un dels principals problemes és la visualització, comprensió o representació de les enormes distàncies i mesures que s’hi donen. A sota teniu un parell de vídeos per ajudar a fer-se una idea aproximada.

Al primer dels dos, sobre el llit sec d’un llac, un grup d’amics ha dut a terme un model a escala del Sistema Solar amb les òrbites planetàries corresponents. Una molt bona representació del nostre lloc a l’Univers.

Al segon, fent servir una animació, es representen les mides i les distàncies relatives dels principals astres del Sistema Solar.

 

[youtube]https://www.youtube.com/watch?v=zR3Igc3Rhfg[/youtube]

[youtube]https://www.youtube.com/watch?v=MK5E_7hOi-k[/youtube]

Amunt i avall per l’escala de l’Univers

Actualitzant, i aprofundint, els viatjes de Powers of ten i el café de Utah hi ha un nou simulador anomenat The Scale of the Universe què permet anar amunt i avall per l’escala de l’Univers a cop de click.

A Recerca en acció se’n feien ressó fa uns dies:

“Aquest joc és senzillament fascinant. Movent un cursor amunt i avall podem viatjar vers allò enormement petit o bé fins a les dimensions més enormes de l’Univers.  Si movem el cursor vers allò molt petit ens sorprendrem de visualitzar, primer, els organismes i les estructures biològiques més petites. A mesura que el viatge continua ens endinsem en l’estructura dels àtoms, i després en les partícules, i després… El viatge acaba als 10 elevat a -35 metres, una escala de longitud molt més petita que un neutrí i que, de fet, correspondria a la mida de les cordes que postula la teoria de cordes. I a l’inrevés, movent el cursor vers les dimensions més grans podem contemplar la Terra, el sistema solar, les galàxies… I arribar fins a 10 elevat a 27, enorme escala de longitud que correspon a l’Univers observable. “

[youtube]http://www.youtube.com/watch?v=0fKBhvDjuy0[/youtube]

 

Introduint les cèl·lules i la seua estructura

Us adjunte els dos vídeos que hem vist avui, per començar a parlar de l’estructura i organització cel·lular.

  • Primer de tot el vídeo Organitzacions procariota i eucariota, què introdueix i compara les organitzacions procariota i eucariota de les cèl·lules.
  • Després el vídeo Com són les cèl·lules explica les principals característiques de les cèl·lules eucariotes i d’alguns dels orgànulsmés característics. També introdueix el procés de reproducció cel·lular.
  • També podeu fer una ullada a aquesta animació i aquest simulador de l’estructura cel·lular.

[youtube]http://www.youtube.com/watch?v=Hyew8aI0Rzg[/youtube]

[youtube]http://www.youtube.com/watch?v=c8MdBIGv49I[/youtube]

Temps de reacció tranquilitzant ovelles

Per continuar avaluant el vostre temps de reacció, a més de les mesures que heu pres a les sessions de pràctiques amb el regle, podeu practicar una mica amb el següent simulador. Disparant un dard tranquilitzant a les ovelles que fugen, podràs estimar el teu temps de reacció…

També podeu fer-ho posant-vos en la pell d’un batejador de baseball o en la d’una granota.

[flv]http://www.bbc.co.uk/science/humanbody/sleep/sheep/reaction_version5.swf[/flv]

[flv]http://www.exploratorium.edu/baseball/react_shock/REACTION_TIME04.swf[/flv]

[flv]http://sciencenetlinks.com/interactives/Zap.swf[/flv]

 

La genètica i les lleis de l’herència

Propostes de lectura estival
Propostes de lectura estival

Tot seguit teniu els objectius, les primeres activitats i uns enllaços per introduir la darrera unitat d’enguany, La genètica i les lleis de l’herència.

Pel que respecta als objectius, en acabar la unitat haurieu de ser capaços de:

  1. Raonar les bases experimentals de les lleis de Mendel
  2. Definir correctament, i amb capacitat per a formular els teus propis exemples, els conceptes següents: raça pura, híbrid, gen, al·lel, homozigot, heterozigot, dominància, recessivitat, codominància, herència intermèdia, genotip, fenotip i arbre genealògic
  3. Trobar la resposta a problemes senzills que impliquin el coneixement i comprensió de les lleis de Mendel i de l’herència lligada al sexe
  4. Raonar el significat de cadascuna de les lleis de Mendel
  5. Raonar les limitacions de les lleis de Mendel
  6. Dissenyar arbres genealògics elementals d’alguns caràcters de la pròpia família i preveure la possible transmissió a la descendència
  7. Explicar l’herència dels grups sanguinis ABO
  8. Compendre les conseqüències de la consanguinitat sobre l’herència
  9. Explicar la importància biològica de la meiosi
  10. Conèixer i relacionar els conceptes de meiosi, mitosi, nucli, gàmetes, cromosomes, locus, lligament, entrecreuament, teoria cromosòmica, recombinació genètica
  11. Definir correctament i posar exemples d’interacció gènica i pleiotropia
  12. Coneixer les aplicacions de la genètica a diferents camps
  13. Tenir capacitat crítica per a valorar l’interès de les aplicacions de la genètica en agricultura, ramaderia i medicina
  14. Aplicar els coneixements adquirits per predir resultats experimentals
  15. Explicar de forma senzilla i clara l’expressió dels gens
  16. Explicar de forma clara i senzilla la mutació de l’ADN
  17. Discutir la influència de l’ambient en l’herència
  18. Coneixer les tècniques més senzilles de l’ADN recombinant que es fan servir en enginyeria genètica i les seves aplicacions
Lleis de Mendel
Lleis de Mendel

Us adjunte un seguit d’enllaços amb més recursos:

Pel que fa a la vostra tasca, com a les activitats anteriors,  heu de completar les següents activitats en un document de text. En acabar feu-me’l arribar al correu.

  1. Captureu les imatges dels tres patrons d’herència d’aquest exercici, identifiqueu-los i raoneu les diferències entre cadascun d’ells.
  2. Fes el mateix relacionat els diferents fenotips amb el genotip corresponent. Raona les diferències entre els dos conceptes.
  3. Escolteu el video i relacioneu els conceptes. Tot seguit completeu i transcriviu el text.
  4. Completeu l’activitat i recordareu els passos per resoldre problemes de genètica. (Atenció sols funciona en Explorer 😥  )
  5. Entreu a la web del Projecte Biosfera i completeu els mots encreuats i les activitats 3 i 4 (en Explorer 😥  ) sobre Mendel.
  6. Repliqueu l’experiment de Mendel sobre el dihibridisme, agrupeu els fenotips i els genotips corresponents i relacioneu-los amb la tercera Llei de Mendel. Si no ho teniu clar, refresqueu informació.
  7. Completeu ara els problemes de monohibridisme del Biology project i preneu nota de les respostes.
  8. Torneu al Biosfera i completeu ara l’activitat 5 (en Explorer 😥  ), sobre Teoria cromosòmica de l’herència i els problemes de genètica.
  9. Finalment per sintetitzar, completeu els següents problemes de genètica del Biologia en context

[slideshare id=6835202&doc=b6basesestructuralsdelherncia-sm-4teso-110206232706-phpapp01]

[slideshare id=30162&doc=classical-genetics-493]

[slideshare id=1033182&doc=3ccnn4esoval-1234785657446708-3]

[kml_flashembed movie="http://berosus.org/naturals/Activitats/genetica/genmol/historia.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

Mutacions, tipus i efectes

Exemples de mutacions cromossòmiques
Exemples de tipus de mutacions

A banda d’una animació sobre la hibridació de que parlavem ahir, tot seguit teniu les activitats que  heu de completar sobre les mutacions per pendre consciència de la seua importància i dels agents que les poden causar.

Com sempre, els resultats en un document de text i en acabar feu-me’l arribar al correu.

  1. Fes una ullada a les definicions del Comsoc i a la següent presentació de diapositives sobre mutacions i enginyeria genètica (hi ha versió simplicada) i explica, fent servir exemples, les diferències entre les mutacions gèniques, genòmiques i cromossòmiques.
  2. Llegeix la informació sobre les mutacions del projecte Biosfera i pren nota de les respostes correctes de l’activitat que relaciona patologies i mutacions.
  3. Mira les diapositives del Institut Nacional del Càncer sobre mutacions hereditàries i adquirides, captura’n les imatges i explica’n les diferències.
  4. Visualitza les animacions de McGrawHill sobre mutacions per substitució i adicions i delecions i contesta els qüestionaris.
  5. Completa l’activitat sobre mutacions genètiques i proteïnes. Pren nota de la taula i contesta les qüestions
  6. Visita ara aquesta pàgina amb quatre problemes resolts, planteja’t la teva resposta i contrasta-la. Tot seguit pren nota de la resposta indicant en que anaves encertat i en que no.
  7. Ves ara a la pàgina de la Universitatde Utah i fes les activitats SLOOZE WORM MUTAGENESIS i MUTATE A DNA SENTENCE!. Pren nota de les nou qüestions.
  8. Per sintetitzar, visita ara el simulador Mutations: Changing the Genetic Code i pren nota dels resultats de les set activitats.
  9. Fes una ullada a l’article Evolució molecular, el rellotge de la vida del monogràfic Evolució de la revista Mètode i fes-ne una crítica en 10 línies.
  10. Finalment, transforma el teu nom en una seqüència d’ADN i pren nota dels efectes dels diversos tipus de mutacions amb aquest simulador.

Més informació:

[slideshare id=4320458&doc=ud11-lesmutacionselsgensilenginyeriagentica-100526140519-phpapp02]

[slideshare id=6674115&doc=mutacions-110123112740-phpapp02]

[kml_flashembed movie="http://highered.mcgraw-hill.com/sites/dl/free/0072556781/192785/anim0041.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://highered.mcgraw-hill.com/sites/dl/free/0072556781/192785/anim0044.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://berosus.org/naturals/Activitats/genetica/genmol/mutacion.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

Traducció i síntesi de proteïnes

Fluxe dinformació biològica
Fluxe d'informació biològica

Després de les activitats sobre replicació i transcripció, el darrer procés a tractar és la traducció.

Amb això acabem de plantejar els tres processos de l’anomenat Dogma central de la Biologia molecular, tot i que realment no és gens dogmàtic i ha patit diverses reformulacions des del seu plantejament per part de Francis Crick.

Avui en dia ve a dir alguna cosa semblant a que la informació de l’àcid nucleic es pot perpetuar o transferir, però que la transferència de la informació a proteïnes és irreversible.

Com a les activiats anteriors,  heu de completar les següents activitats en un document de text i en acabar feu-me’l arribar al correu.

La majoria de les activitats estan adaptades del projecte Biologia en context

  1. Centrant-nos en la traducció, feu una ullada a aquesta animació i, després, captureu les imatges d’aquesta pàgina. Escriviu al costat d’elles una petita descripció del que hi passa. En la primera vinyeta, afegiu-hi la definició de la traducció del RNA i quina funció té cadascun dels enzims en aquest procés. Poseu en les molècules del RNA el sentit del filament. Ajudeu-vos de la informació del web Nobelprize, d’aquest vídeo o de les animacions de John Hopkins
  2. Per reflexionar sobre el concepte de gen, codi genètic i la correspondència entre la informació continguda el la seqüència de nucleòtids en format ADN i la continguda en l’estructura primària de les proteïnes en format aminoàcids, entreu a la següent pàgina i, després de llegir els textos dels enllaços, contesteu a les sis qüestions que s’hi plantegen.
  3. Completeu la correspondència del codi genètic de l’animació de Lourdes Luengo.
  4. Construïu ara el polipèptid corresponent a la molècula d’RNA i feu una captura de pantalla.
  5. Transcriu les frases correctes sobre la síntesi de proteïnes i còpia el text complet sobre el codi genètic.
  6. Completeu el següent test i expliqueu qui forma i el paper que desenvolupen el complex iniciador i el codó de terminació en la traducció.
  7. Captura les  imatges corresponents i identifica els processos del Dogma central  de la Biologia Molecular i els elements implicats en la traducció.
  8. Finalment, com a síntesi dels tres processos, resol els 15 problemes del Biology Project i pren nota de les respostes correctes.
Esquema de la Traducció
Esquema de la Traducció

Altres recursos a tindre en compte són els següents:


[kml_flashembed movie="http://www.stolaf.edu/people/giannini/flashanimat/molgenetics/translation.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www.sumanasinc.com/webcontent/animations/content/translation.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www.lourdesluengo.es/animaciones/unidad13/codigoejercicio.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www.lourdesluengo.es/animaciones/unidad13/traduccion.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://nobelprize.org/educational/medicine/dna/a/translation/animations/translation.dcr" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://nobelprize.org/educational/medicine/dna/b/translation/animation/translation.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www.concord.org/~btinker/workbench_web/models/eukTranslation.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www-class.unl.edu/biochem/gp2/m_biology/animation/m_animations/gene3.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www.phschool.com/science/biology_place/biocoach/images/translation/tlint.dcr" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

El poder de la informació, introduint els àcids nucleics

Doble hèlix
Doble hèlix

Tot seguit teniu els objectius  i uns enllaços per introduir la unitat dels àcids nucleics, El poder de la informació, àcids nucleics i la seva expresió.

Pel que respecta als objectius, en acabar la unitat haurieu de:

  1. Descriure un experiment que permeti assegurar que l’ADN és el material genètic

  2. Conèixer l’estructura i els components dels àcids nucleics

  3. Vincular l’estructura dels DNA i l’RNA amb les funcions que desenvolupen

  4. Explicar la importància de les proteïnes per a la vida i posar-ne exemples.

  5. Explicar com està empaquetat l’ADN als cromosomes

  6. Raonar el caràcter dual de l’ADN, com a mantenidor de la informació i permetent alhora canvis

  7. Explicar de forma senzilla l’expressió dels gens

  8. Diferenciar els processos de replicació, transcripció i traducció del material genètic.

  9. Raonar un experiment que demostri que la duplicació és semiconservativa.

  10. Explicar el model de replicació de l’ADN, enumerant els principals enzims implicats i la seva funció

  11. Deduir la seqüència d’aminoàcids corresponents a una cadena d’àcid nucleic determinada

  12. Conèixer els mecanismes més importants de regulació de l’expressió gènica.

  13. Aplicar els coneixements adquirits per predir resultats experimentals

S. Harris DNA Cartoons
S. Harris DNA Cartoons

Per anar introduint el coneixement dels àcids nucleics,  us adjunte un seguit d’enllaços amb més recursos:

[slideshare id=5934426&doc=cidsnucleics-101127114637-phpapp02]

[slideshare id=2360006&doc=bio1rbatxunitat3rnaadn-091027141841-phpapp02]

[kml_flashembed movie="http://www.lourdesluengo.es/animaciones/unidad4/adnconstruye.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www.dnaftb.org/files/swf/con17ani.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://berosus.org/naturals/Activitats/genetica/genetic/meselson-stahl.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www.stolaf.edu/people/giannini/flashanimat/molgenetics/dna-rna2.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www.stolaf.edu/people/giannini/flashanimat/molgenetics/transcription.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www.stolaf.edu/people/giannini/flashanimat/molgenetics/translation.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www.wiley.com/college/pratt/0471393878/student/animations/dna_replication/dna_replication.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www-class.unl.edu/biochem/gp2/m_biology/animation/m_animations/gene2.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

Aplicacions bioinformàtiques i proteïnes

Per anar enllaçant la unitat de proteïnes amb la d’àcids nucleics, anem practicant la relació entre codi genètic i protèic.

Ho farem a partir d’una pràctica de bioinformàtica i genètica de la UAB i -amb un nivell més avançat- de l’estudi de doctorat sobre bioinformàtica i proteïnes del IMB del CSIC. Per si algú vol idees per al treball de recerca 😉

Dels diferents exercicis i problemes relacionats amb l’ús d’eines bionformàtiques, heu de contestar les qüestions de l’exercici 1 per cercar informació sobre una seqüència coneguda d’ADN. I sobre l’estructura de les proteïnes, l’exercici 7 del curs on-line de l’IMB del CSIC.

Per contestar el primer exercici fareu servir el programa del NCBI Basic Local Alignment Search Tool BLASTn per cercar seqüències semblants a la problema. Teniu més informació sobre el programa ací o ací. Altra versió del programa més senzilla des de la Universitat de Kyoto.

Per al segon exercici haureu de visitar el portal Uniprot de l’EBI. Sobre proteïnes, també podeu consultar l’extensa base de dades del ExPASy o del BLASTp.

Pel mateix preu, teniu una repassada a les proteïnes i el codi d’una o tres lletres de les equivalències dels aminoàcids.

[slideshare id=1196975&doc=bioinformaticaproteinas-090325115928-phpapp01]