Biologia – Pàgina 9

El poder de la informació, introduint els àcids nucleics

Tot seguit teniu els objectius i uns enllaços per introduir la unitat dels àcids nucleics, El poder de la informació, àcids nucleics i la seva expresió.

Pel que respecta als objectius, en acabar la unitat haurieu de:

Descriure un experiment que permeti assegurar que l’ADN és el material genètic
Conèixer l’estructura i els components dels àcids nucleics
Vincular l’estructura dels DNA i l’RNA amb les funcions que desenvolupen
Explicar la importància de les proteïnes per a la vida i posar-ne exemples.
Explicar com està empaquetat l’ADN als cromosomes
Raonar el caràcter dual de l’ADN, com a mantenidor de la informació i permetent alhora canvis
Explicar de forma senzilla l’expressió dels gens
Diferenciar els processos de replicació, transcripció i traducció del material genètic.
Raonar un experiment que demostri que la duplicació és semiconservativa.
Explicar el model de replicació de l’ADN, enumerant els principals enzims implicats i la seva funció
Deduir la seqüència d’aminoàcids corresponents a una cadena d’àcid nucleic determinada
Conèixer els mecanismes més importants de regulació de l’expressió gènica.
Aplicar els coneixements adquirits per predir resultats experimentals

Per anar introduint el coneixement dels àcids nucleics, us adjunte un seguit d’enllaços amb més recursos:

Una repassada através de diversos problemes del Biology project. I de quin monòmer es tracta?
Portal multimèdia DNA from the beginning, amb la recreació en diversos formats dels 75 experiments que han catapultat la biologia molecular i actualitzat la genètica.
Un tour bàsic des del complet portal de LearnGenetics de la universitat de Utah.
Tutorial sobre l’estructura dels àcids nucleics i la seva seqüenciació. També la replicació i la transcripció.
Animacions des de l’IES Josep Miquel Guàrdia sobre genètica molecular i experiments clàssics (entre ells els de Meselson i Stahl o el de Avery, MacLeod i McCarthy).
Animacions sobre l’estructura de l’ADN i sobre els processos de replicació, transcripció i traducció.
La replicació i la transcripció amb una mica més de detall.
Gran quantitat de recursos als blogs de Toni Cassany i també al web de Lourdes Luengo, animacions sobre la formació d’un nucleòtid, un enllaç fosfodiéster o la complementarietat de bases. Tot això us capacitat per construir el vostre fragment d’ADN.
Més animacions des del Bio-Alive, l’HHMI i al Biologycorner.
Tot i que ja la treballerem el proper curs, al BMols de Miquel Mulet trobem la ciclació de les pentoses amb enllaços hemiacetàlics i nucleòtids en 3D.
Dos mapes conceptuals sobre els àcids nuclèics i l’ARN
Una petita síntesi des de l’IES Tremp o des de l’Aula Virtual de Biologia sobre els àcids nucleics i sobre els processos.
Presentació de diapositives general, una segona i altra en PDF.
Videos sobre l’estructura de l’ADN i els processos de replicació, traducció . També podeu trobar els procés de maduració de RNAm, la tècnica de la PCR o el genoma humà.
El programa Codigene, és un programa que permet visualitzar i practicar amb els tres processos bàsics (replicació, transcripció i traducció). Podeu descarregar-lo desde els enllaços de l’IES Vicenta Ferrer o l’IES Ramon Olleros.
També teniu el GenExplorer i altre programari més avançat.
I per desestressar-vos acoloriu els processos de transcripció i traducció o la molècula de DNA.

[slideshare id=5934426&doc=cidsnucleics-101127114637-phpapp02]

[slideshare id=2360006&doc=bio1rbatxunitat3rnaadn-091027141841-phpapp02]

[kml_flashembed movie="http://www.lourdesluengo.es/animaciones/unidad4/adnconstruye.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www.dnaftb.org/files/swf/con17ani.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://berosus.org/naturals/Activitats/genetica/genetic/meselson-stahl.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www.stolaf.edu/people/giannini/flashanimat/molgenetics/dna-rna2.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www.stolaf.edu/people/giannini/flashanimat/molgenetics/transcription.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www.stolaf.edu/people/giannini/flashanimat/molgenetics/translation.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www.wiley.com/college/pratt/0471393878/student/animations/dna_replication/dna_replication.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www-class.unl.edu/biochem/gp2/m_biology/animation/m_animations/gene2.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

Comentaris exercicis 3, 4 i 5 síntesi proteïnes

Els tres exercicis que ens faltava comentar són els següents:

Exercici 3:

Químicament els aminoàcids són compostos orgànics caracteritzats per presentar, com a mínim, un grup amino bàsic (–NH2) i un grup carboxil àcid (–COOH).
Que unes molècules siguin amfòteres significa que en medi àcid es comporten com a bases i en medi bàsic com a àcids.
Hi ha vint aminoàcids diferents.
Al C Alfa s’enllacen un grup amino (–NH2), un grup carboxil (–COOH) i un radical (R). El radical correspon a la cadena lateral que diferència cada aminoàcid

Exercici 4:

un tripèptid possible és Gly – Cys – Val

Exercici 5:

Pel què fa a la la seqüència de la molècula de la proteïna ribonucleasa, un enzim que trenca o hidrolitza les molècules d’ARN.

La componen 124 aminoàcids.
El nom i el símbol dels aminoàcids disposats en els llocs 1, 7, 22, 66 i 124 són respectivament: lisina(Lys), lisina (Lys), serina (Ser), lisina (Lys), valina (Val).
En aquesta proteïna hi ha 6 residus de Lys (lisina) i 9 de Val (valina).
La ribonucleasa conté 4 ponts disulfur establerts entre cisteïnes.

Enzims i activitat enzimàtica

Per ampliar continguts sobre els enzims, podeu fer servir els segünets enllaços:

Uns complets apunts en PDF del Víctor Garcia i altres des de l’IES Josep Miquel Guàrdia (ací en versió reduïda)
Vídeos sobre estructura bàsica i funció enzimàtica i inhibició.
Activitats des de l’Escola del Treball per treballar l’estructura, la tipologia i el funcionament dels enzims. I també una síntesi sobre proteïnes i àcids nucleics
Animacions de Lourdes Luengo sobre reaccions enzimàtiques, inhibició i especificitat. Al Biomodel trobareu altra sobre energia d’activació i alosterisme.
Trobareu més animacions en el web de José Luis Sánchez Guillén o en els portals Biomodel i Bioygeo.
Presentació de diapositives de Conchi Villanueva, que podeu descarregar en PDF.

[slideshare id=4516514&doc=tema6enzims-100616075821-phpapp01]

[kml_flashembed movie="http://www.youtube.com/v/VXNsr6Rc6ok" width="425" height="350" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www.youtube.com/v/PILzvT3spCQ" width="425" height="350" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www.lourdesluengo.es/animaciones/unidad8/reaccion_enzimatica.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www.lourdesluengo.es/animaciones/unidad8/inhibicion_enzimatica.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www.lourdesluengo.es/animaciones/unidad8/especificidad.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://biomodel.uah.es/biomodel-misc/anim/enz/transition_state.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://biomodel.uah.es/biomodel-misc/anim/enz/allosteric.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

Aplicacions bioinformàtiques i proteïnes

Per anar enllaçant la unitat de proteïnes amb la d’àcids nucleics, anem practicant la relació entre codi genètic i protèic.

Ho farem a partir d’una pràctica de bioinformàtica i genètica de la UAB i -amb un nivell més avançat- de l’estudi de doctorat sobre bioinformàtica i proteïnes del IMB del CSIC. Per si algú vol idees per al treball de recerca 😉

Dels diferents exercicis i problemes relacionats amb l’ús d’eines bionformàtiques, heu de contestar les qüestions de l’exercici 1 per cercar informació sobre una seqüència coneguda d’ADN. I sobre l’estructura de les proteïnes, l’exercici 7 del curs on-line de l’IMB del CSIC.

Per contestar el primer exercici fareu servir el programa del NCBI Basic Local Alignment Search Tool BLASTn per cercar seqüències semblants a la problema. Teniu més informació sobre el programa ací o ací. Altra versió del programa més senzilla des de la Universitat de Kyoto.

Per al segon exercici haureu de visitar el portal Uniprot de l’EBI. Sobre proteïnes, també podeu consultar l’extensa base de dades del ExPASy o del BLASTp.

Pel mateix preu, teniu una repassada a les proteïnes i el codi d’una o tres lletres de les equivalències dels aminoàcids.

[slideshare id=1196975&doc=bioinformaticaproteinas-090325115928-phpapp01]

La química dels aminoàcids al Biology Project

Formació dun enllaç peptídic — Formació d'un enllaç peptídic

Per a poder formar els pròtids, com el dipèptid de la imatge de la formació d’un enllç peptídic de sobre, cal anar ensamblant els seus monòmers.

Per acabar d’ensamblar els vostres coneixements sobre els aminoàcids, us adjunte uns enllaços al portal The Chemistry of Amino Acids del Biology project .

A més de la informació sobre l’estructura i les diverses families d’aminoàcids, també podeu avaluar-vos a la secció de problemes o provar la identificació d’estructures o de codis. Teniu una figura amb els codis d’una i tres lletres.

I per anar fent goleta, un vídeo animat de la síntesi als ribosomes d’una proteïna a partir de l’ARN

Estructura bàsica dun aminoàcid — Estructura bàsica d'un aminoàcid

Protein synthesis from countingthoughts on Vimeo.

Introduint les proteïnes i la seva estructura

Tot seguit teniu els objectius i uns enllaços per introduir la unitat de les proteïnes. A sota de tot trobareu la primera tasca que heu d’elaborar.

Pel que respecta als objectius, en acabar la unitat haurieu de:

Diferenciar l’estructura comuna dels aminoàcids
Explicar com es forma l’enllaç peptídic
Explicar els diferents nivells d’organització de les proteïnes
Explicar com la seqüència d’aminoàcids determina la conformació tridimensional de les proteïnes
Relacionar els canvis estructurals causats per la desnaturalització de les proteïnes amb la pèrdua de la seva funció biològica
Raonar la importància biològica dels enzims
Explicar de manera clara i senzilla el mecanisme de l’acció enzimàtica
Conèixer alguns factors que modifiquen l’acció enzimàtica
Relacionar els efectes dels factors que modifiquen l’activitat enzimàtica amb les modificacions dels enzims a nivell molecular
Identificar, mitjançant proves de laboratori, proteïnes.

Per anar introduint el coneixement de les proteïnes i completar l’activitat Investigant proteïnes a la xarxa( PDF), us adjunte un seguit d’enllaços: Continue reading Introduint les proteïnes i la seva estructura

Valorant el pH

Per completar la vaoració del pH que hem fet avui, us adjunte alguns enllaços per ampliar la formació.

Algun dels enllaços ja estaven en aquesta entrada anterior.
Com l’animació del John Kyrk per fer-vos una idea del procés.
El portal pH-meter amplia la informació seobre mesures i parells de mesura.
Una mica de teoria -relacionant-la amb la pluja àcida-, des de l’IES La Bisbal.
Un simulador, que us permetra fer prediccions i contrastar-les. També hi ha un pHímetre.
Altre simulador, més complet, sobre l’escala de pH i solucions àcid-base.
I per avaluar-vos, uns quants problemes resolts d‘àcids i bases i estudis de casos clínics, per practicar l’efecte bioquímic del pH.
Ara ja esteu capacitats per cuinar uns bons ous verds i llimonades vermelles seguint la recepta del Pepquímic. 😉

[kml_flashembed movie="http://www.johnkyrk.com/pH.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www.bgfl.org/bgfl/custom/resources_ftp/client_ftp/ks3/science/acids/flash/universal.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www.chem.iastate.edu/group/Greenbowe/sections/projectfolder/flashfiles/acidbasepH/ph_meter.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

Biomolècules i aigua

Tot seguit teniu els enllaços a les activitats que heu de completar. Preneu nota dels resultats al vostre full.

Activitat 2 sobre Aigua i sals minerales
Enllaç per descarregar el test Aigua i dissolucions aquoses de l’Activitat 3
Mots encreuats de l’activitat4
Tutorials de l‘activitat 5 i l’activitat 6

Altres fonts, a banda dels enllaços de l’altra entrada (feu una ullada a la completa presentació de la Química de la vida), d’on obtindre informació són les següents: Continue reading Biomolècules i aigua

La química de la vida i els elements

nivells dorganització — nivells d'organització

Tot seguit teniu els objectius i uns enllaços per introduir la unitat de la química de la vida. A sota de tot trobareu la primera tasca que heu d’elaborar.

Pel que respecta als objectius, en acabar la unitat haurieu de:

Entendre el conjunt de la biosfera com una jerarquia de sistemes i nivells d’organització
Explicar la química com a base material de la vida
Identificar els estats fisicoquímics de la matèria viva.
Anomenar els principals elements químics o bioelements que componen la matèria viva
Exposar les estructures bàsiques de les molècules orgàniques i els tipus d’enllaços que les formen
Argumentar sobre la importància de l’aigua com a component majoritari dels éssers vius
Relacionar l’estructura química de l’aigua amb les propietats fisicoquímiques
Relacionar les propietats fisicoquímiques de l’aigua amb les seves funcions biològiques més destacades
Explicar de manera clara i senzilla els conceptes d’acidesa i pH

Algunes fonts per anar fent boca com:

Article (via Toni Cassany) La lògica molecular de la Vida d’Albert Lehninger i els seus Principles of Biochemistry
Una entrada al Comsoc de l’Edu365
Una síntesi dels nivells d’organització i una taula que relaciona els nivells d’organització i les branques de la biologia.
Apunts sintètics i abundants enllaços des de l’IES La Ràbida i del Toni Cassany
Una presentació de repàs a la química del carboni i altres dues molt completes sobre la química de la vida i la composició dels éssers vius

Pel que respecta a la vostra tasca, es tracta d’elabora una presentació de diapositives que conteste les següents qüestions, afegint una darrera diapositiva amb les fonts que feu servir: Continue reading La química de la vida i els elements

D’una cèl·lula a moltes

Fases des de la fecundació humana a lanidament — Fases des de l'ovulació humana a l'anidament

Tot seguit teniu més informació del bloc d’embriologia i desenvolupament que hem treballat.

Tot i què altra forma de fer-ho hauria estat llegir l’interessant Mutants, sobre la varietat genètica i el cos humà d’Armand Leroi, en teniu un apunt a l’Icat i a l’Independent, també una completa crítica a Lecturaserrantes. És, en tot cas, una molt recomanable lectura estival 😉

Una ràpida visió de conjunt del desenvolupament embrionari
El complet portal embriològic de la universitat de South Wales i la nova versió.
Atles i animacions d’embriologia humana, incloent una línia temporal de les primeres 8 setmanes.
Portal EmbryoImages sobre el desenvolupament en mamífers
Web pràctica de la universitat d’Stanford sobre la fecundació i desenvolupament de l’eriçò de mar, l’embriologia (en castellà)
Unitat d’una cèl·lula a moltes del Projecte Biologia en context, amb l’apartat de desenvolupament embrionari i el protocol de fecundació in vitro de musclos que seguirem dilluns.
Quèquicom sobre les cèl·lules mare
Webquest cèl·lules mare

[kml_flashembed movie="http://www.embryo.chronolab.com/time.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]