Categoria: bioquímica

Comentaris exercicis 3, 4 i 5 síntesi proteïnes

Els tres exercicis que ens faltava comentar són els següents:

Exercici 3:

  1. Químicament els aminoàcids són compostos orgànics caracteritzats per presentar, com a mínim, un grup amino bàsic (–NH2) i un grup carboxil àcid (–COOH).
  2. Que unes molècules siguin amfòteres significa que en medi àcid es comporten com a bases i en medi bàsic com a àcids.
  3. Hi ha vint aminoàcids diferents.
  4. Al C Alfa s’enllacen un grup amino (–NH2), un grup carboxil (–COOH) i un radical (R). El radical correspon a la cadena lateral que diferència cada aminoàcid

Exercici 4:

un tripèptid possible és Gly – Cys – Val

Tripèptid
Tripèptid

Exercici 5:

Pel què fa a la la seqüència de la molècula de la proteïna ribonucleasa, un enzim que trenca o hidrolitza les molècules d’ARN.

  1. La componen 124 aminoàcids.
  2. El nom i el símbol dels aminoàcids disposats en els llocs 1, 7, 22, 66 i 124 són respectivament: lisina(Lys), lisina (Lys), serina (Ser), lisina (Lys), valina (Val).
  3. En aquesta proteïna hi ha 6 residus de Lys (lisina) i 9 de Val (valina).
  4. La ribonucleasa conté 4 ponts disulfur establerts entre cisteïnes.

Enzims i activitat enzimàtica

Per ampliar continguts sobre els enzims, podeu fer servir els segünets enllaços:

[slideshare id=4516514&doc=tema6enzims-100616075821-phpapp01]

[kml_flashembed movie="http://www.youtube.com/v/VXNsr6Rc6ok" width="425" height="350" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www.youtube.com/v/PILzvT3spCQ" width="425" height="350" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www.lourdesluengo.es/animaciones/unidad8/reaccion_enzimatica.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www.lourdesluengo.es/animaciones/unidad8/inhibicion_enzimatica.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www.lourdesluengo.es/animaciones/unidad8/especificidad.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://biomodel.uah.es/biomodel-misc/anim/enz/transition_state.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://biomodel.uah.es/biomodel-misc/anim/enz/allosteric.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

Aplicacions bioinformàtiques i proteïnes

Per anar enllaçant la unitat de proteïnes amb la d’àcids nucleics, anem practicant la relació entre codi genètic i protèic.

Ho farem a partir d’una pràctica de bioinformàtica i genètica de la UAB i -amb un nivell més avançat- de l’estudi de doctorat sobre bioinformàtica i proteïnes del IMB del CSIC. Per si algú vol idees per al treball de recerca 😉

Dels diferents exercicis i problemes relacionats amb l’ús d’eines bionformàtiques, heu de contestar les qüestions de l’exercici 1 per cercar informació sobre una seqüència coneguda d’ADN. I sobre l’estructura de les proteïnes, l’exercici 7 del curs on-line de l’IMB del CSIC.

Per contestar el primer exercici fareu servir el programa del NCBI Basic Local Alignment Search Tool BLASTn per cercar seqüències semblants a la problema. Teniu més informació sobre el programa ací o ací. Altra versió del programa més senzilla des de la Universitat de Kyoto.

Per al segon exercici haureu de visitar el portal Uniprot de l’EBI. Sobre proteïnes, també podeu consultar l’extensa base de dades del ExPASy o del BLASTp.

Pel mateix preu, teniu una repassada a les proteïnes i el codi d’una o tres lletres de les equivalències dels aminoàcids.

[slideshare id=1196975&doc=bioinformaticaproteinas-090325115928-phpapp01]

La química dels aminoàcids al Biology Project

Formació dun enllaç peptídic
Formació d'un enllaç peptídic

Per a poder formar els pròtids, com el dipèptid de la imatge de la formació d’un enllç peptídic de sobre, cal anar ensamblant els seus monòmers.

Per acabar d’ensamblar els vostres coneixements sobre els aminoàcids, us adjunte uns enllaços al portal The Chemistry of Amino Acids del Biology project .

A més de la informació sobre l’estructura i les diverses families d’aminoàcids, també podeu avaluar-vos a la secció de problemes o provar la identificació d’estructures o de codis. Teniu una figura amb els codis d’una i tres lletres.

I per anar fent goleta, un vídeo animat de la síntesi als ribosomes d’una proteïna a partir de l’ARN

Estructura bàsica dun aminoàcid
Estructura bàsica d'un aminoàcid

Protein synthesis from countingthoughts on Vimeo.

Protein synthesis from countingthoughts on Vimeo.

Introduint les proteïnes i la seva estructura

Nivells estructurals de les proteïnes
Nivells estructurals de les proteïnes

Tot seguit teniu els objectius  i uns enllaços per introduir la unitat de les proteïnes. A sota de tot trobareu la primera tasca que heu d’elaborar.

Pel que respecta als objectius, en acabar la unitat haurieu de:

  • Diferenciar l’estructura comuna dels aminoàcids
  • Explicar com es forma l’enllaç peptídic
  • Explicar els diferents nivells d’organització de les proteïnes
  • Explicar com la seqüència d’aminoàcids determina la conformació tridimensional de les proteïnes
  • Relacionar els canvis estructurals causats per la desnaturalització de les proteïnes amb la pèrdua de la seva funció biològica
  • Raonar la importància biològica dels enzims
  • Explicar de manera clara i senzilla el mecanisme de l’acció enzimàtica
  • Conèixer alguns factors que modifiquen l’acció enzimàtica
  • Relacionar els efectes dels factors que modifiquen l’activitat enzimàtica amb les modificacions dels enzims a nivell molecular
  • Identificar, mitjançant proves de laboratori, proteïnes.

Per anar introduint el coneixement de les proteïnes i completar l’activitat Investigant proteïnes a la xarxa( PDF),  us adjunte un seguit d’enllaços: Continue reading Introduint les proteïnes i la seva estructura

Valorant el pH

Escala de pH ambiental
Escala de pH ambiental

Per completar la vaoració del pH que hem fet avui, us adjunte alguns enllaços per ampliar la formació.

  • Algun dels enllaços ja estaven en aquesta entrada anterior.
  • Com l’animació del John Kyrk per fer-vos una idea del procés.
  • El portal pH-meter amplia la informació seobre mesures i parells de mesura.
  • Una mica de teoria -relacionant-la amb la pluja àcida-,  des de l’IES La Bisbal.
  • Un simulador, que us permetra fer prediccions i contrastar-les. També hi ha un pHímetre.
  • Altre simulador, més complet, sobre l’escala de pH i solucions àcid-base.
  • I per avaluar-vos, uns quants problemes resolts  d‘àcids i bases i estudis de casos clínics, per practicar l’efecte bioquímic del pH.
  • Ara ja esteu capacitats per cuinar uns bons ous verds i llimonades vermelles seguint la recepta del Pepquímic. 😉

[kml_flashembed movie="http://www.johnkyrk.com/pH.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www.bgfl.org/bgfl/custom/resources_ftp/client_ftp/ks3/science/acids/flash/universal.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www.chem.iastate.edu/group/Greenbowe/sections/projectfolder/flashfiles/acidbasepH/ph_meter.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

Biomolècules i aigua

Tot seguit teniu els enllaços a les activitats que heu de completar. Preneu nota dels resultats al vostre full.

Altres fonts, a banda dels enllaços de l’altra entrada (feu una ullada a la completa presentació de la Química de la vida),  d’on obtindre informació són les següents: Continue reading Biomolècules i aigua

La química de la vida i els elements

nivells dorganització
nivells d'organització

Tot seguit teniu els objectius  i uns enllaços per introduir la unitat de la química de la vida. A sota de tot trobareu la primera tasca que heu d’elaborar.

Pel que respecta als objectius, en acabar la unitat haurieu de:

  1. Entendre el conjunt de la biosfera com una jerarquia de sistemes i nivells d’organització
  2. Explicar la química com a base material de la vida
  3. Identificar els estats fisicoquímics de la matèria viva.
  4. Anomenar els principals elements químics o bioelements que componen la matèria viva
  5. Exposar les estructures bàsiques de les molècules orgàniques i els tipus d’enllaços que les formen
  6. Argumentar sobre la importància de l’aigua com a component majoritari dels éssers vius
  7. Relacionar l’estructura química de l’aigua amb les propietats fisicoquímiques
  8. Relacionar les propietats fisicoquímiques de l’aigua amb les seves funcions biològiques més destacades
  9. Explicar de manera clara i senzilla els conceptes d’acidesa i pH

Algunes fonts per anar fent boca com:

Pel que respecta a la vostra tasca, es tracta d’elabora una presentació de diapositives que conteste les següents qüestions, afegint una darrera diapositiva amb les fonts que feu servir: Continue reading La química de la vida i els elements