Segons el Termcat, és la tendència al manteniment de l'equilibri i de l'estabilitat interns en els diferents sistemes biològics, des d'una cèl·lula o un organisme fins a un ecosistema.
Màrius Martínez i Martí
Professor de ciències a secundària amb formació i deformació biològica. Arrelat darrerament al Barcelonès
Fa unes setmanes rebíem notícies que s’estava gestant un nou ciber-projecte sobre ciència i tecnologia pensat i escrit en català.
Doncs be, avui 16 de maig ha començat la singladura pública del Notícies d’In, una capçalera que -des d’una perspectiva diversa i diversificada- anirà fent-se ressò del món i novetats científico-tècniques.
A més, continuant amb l’afany de servei i socialització de recursos i coneixement científic, en paral·lel han engegat una iniciativa de recopilació i sindicació de blogs de ciència i tecnologia… el Planeta In
Per treballar el Dogma Central de la Biologia Molecular, avuí començarem amb els processos de replicació i transcripció de l’ADN i el concepte d’empaquetament.
Per fer-ho heu de completar les següents activitats en un document de text i en acabar feu-me’l arribar al correu.
La majoria de les activitats estan adaptades del projecte Biologia en context
Ordeneu per nivell de complexitat de l’organització els següents conceptes, ajudeu-vos d’aquesta web o l’animació de sota: Gen, Individu pluricel·lular, teixit, hèlix de DNA, cèl·lula, genoma, cromatina, nucleòtids, òrgan, base nitrogenada, nucli
Feu una ullada al vídeo i a l’animació sobre l’empaquetament del DNA, a continuació escriviu una descripció en 10 línies de com té lloc aquest empaquetament. Podeu capturar imatges que us ajudin en la vostra descripció. Assegureu-vos que la vostra descripció és completa, per exemple, no podeu deixar d’explicar quina relació té la cromatina amb el DNA o de quines molècules estan formats els nucleosomes.
Centrant-nos en la replicació, feu una ullada a aquesta animació i, després, captureu les imatges d’aquesta pàgina. Escriviu al costat d’elles una petita descripció del que hi passa. En la primera vinyeta, afegiu-hi la definició de la duplicació del DNA i quina funció té cadascun dels enzims en aquest procés. Poseu en les molècules del DNA el sentit del filament. Ajudeu-vos d’aquest vídeo o de les animacions de John Hopkins o Wiley.
Llegeix el PDF sobre les evidències de la replicació semiconservativa i contesta les qüestions
Repetiu el procés de l’activitat 3, però ara amb el procés de transcripció. En aquesta pàgina trobareu les vinyetes i en aquesta l’animació. Teniu més informació en aquestes animacions de John Kyrk, PhSchool o la Universitat de Nebraska.
Modificacions post-transcripcionals. Modificacions post-transcripcionals. Un cop ha estat sintetitzat, l’ARNm ha de patir un seguit de modificacions postranscripcionals durant les quals s’afegiran una sèrie de components, com ara un caputxó metilat i una cua d’adenines a la cadena polinucleotídica. En aquesta animació podeu visualitzar el procés (si no queda clara, podeu accedir a una traducció). Acabat aquest procés, es retiraran certs segments de l’ARNm que no codifiquen per proteïnes: els introns. Podeu veure cóm es fa i els elements que intervenen (també hi ha traducció). Teniu més informació ací i ací. Completeu al vostre document les dues activitats d’aquesta pàgina.
Completeu el següent test i expliqueu el paper que desenvolupen la regió iniciadora i terminadora del ADN.
Tot seguit més enllaços per ampliar informació, a més dels de l’entrada anterior…
Podeu visualitzar diverses molècules fent servir el Biomodel, en concret els àcids nucleics i entre d’elles nucleòtids, DNA o RNA
A la pàgina de l’IES Josep Miquel i Guàrdia trobareu més animacions sobre els diversos processos. I també al blog d’Àngels.
Tot seguit teniu els objectius i uns enllaços per introduir la unitat dels àcids nucleics, El poder de la informació, àcids nucleics i la seva expresió.
Pel que respecta als objectius, en acabar la unitat haurieu de:
Descriure un experiment que permeti assegurar que l’ADN és el material genètic
Conèixer l’estructura i els components dels àcids nucleics
Vincular l’estructura dels DNA i l’RNA amb les funcions que desenvolupen
Explicar la importància de les proteïnes per a la vida i posar-ne exemples.
Explicar com està empaquetat l’ADN als cromosomes
Raonar el caràcter dual de l’ADN, com a mantenidor de la informació i permetent alhora canvis
Explicar de forma senzilla l’expressió dels gens
Diferenciar els processos de replicació, transcripció i traducció del material genètic.
Raonar un experiment que demostri que la duplicació és semiconservativa.
Explicar el model de replicació de l’ADN, enumerant els principals enzims implicats i la seva funció
Deduir la seqüència d’aminoàcids corresponents a una cadena d’àcid nucleic determinada
Conèixer els mecanismes més importants de regulació de l’expressió gènica.
Aplicar els coneixements adquirits per predir resultats experimentals
S. Harris DNA Cartoons
Per anar introduint el coneixement dels àcids nucleics, us adjunte un seguit d’enllaços amb més recursos:
Portal multimèdia DNA from the beginning, amb la recreació en diversos formats dels 75 experiments que han catapultat la biologia molecular i actualitzat la genètica.
Gran quantitat de recursos als blogs de Toni Cassany i també al web de Lourdes Luengo, animacions sobre la formació d’un nucleòtid, un enllaç fosfodiéster o la complementarietat de bases. Tot això us capacitat per construir el vostre fragment d’ADN.
El programa Codigene, és un programa que permet visualitzar i practicar amb els tres processos bàsics (replicació, transcripció i traducció). Podeu descarregar-lo desde els enllaços de l’IES Vicenta Ferrer o l’IES Ramon Olleros.
Els tres exercicis que ens faltava comentar són els següents:
Exercici 3:
Químicament els aminoàcids són compostos orgànics caracteritzats per presentar, com a mínim, un grup amino bàsic (–NH2) i un grup carboxil àcid (–COOH).
Que unes molècules siguin amfòteres significa que en medi àcid es comporten com a bases i en medi bàsic com a àcids.
Hi ha vint aminoàcids diferents.
Al C Alfa s’enllacen un grup amino (–NH2), un grup carboxil (–COOH) i un radical (R). El radical correspon a la cadena lateral que diferència cada aminoàcid
Exercici 4:
un tripèptid possible és Gly – Cys – Val
Tripèptid
Exercici 5:
Pel què fa a la la seqüència de la molècula de la proteïna ribonucleasa, un enzim que trenca o hidrolitza les molècules d’ARN.
La componen 124 aminoàcids.
El nom i el símbol dels aminoàcids disposats en els llocs 1, 7, 22, 66 i 124 són respectivament: lisina(Lys), lisina (Lys), serina (Ser), lisina (Lys), valina (Val).
En aquesta proteïna hi ha 6 residus de Lys (lisina) i 9 de Val (valina).
La ribonucleasa conté 4 ponts disulfur establerts entre cisteïnes.
Activitats des de l’Escola del Treball per treballar l’estructura, la tipologia i el funcionament dels enzims. I també una síntesi sobre proteïnes i àcids nucleics
Després de plantejar-nos inicialment els efectes dels hàbits en l’alimentació amb les activitats de SuperSizeMe, reflexionarem ara sobre l’efecte dels transtorns alimentaris a partir del visionat del programa 21 dies sense menjar, per acabar el bloc treballant sobre la nostra pròpia dieta.
Des d’aquest enllaç heu de baixar-vos les activitats en PDF, tot i que per a completar-les heu de començar fent un seguiment -i prenent nota al llarg d’una setmana- dels aliments que ingeriu al llarg del dia, com indica l’activitat número cinc.
Altra informació relativa les activitats:
Entrada amb els continguts mínims que ha de tindre la vostra presentació sobre les malalties de l’activitat número 12.
Web Trofos de M. Mulet i C. Costa amb eïnes d’anàlisi d’una dieta.
Pel 23 d’abril -o per quan siga- a més de les roses orgàniques sempre fa comboi rebre i/o enviar una rosa virtual…. sobretot si la gent que l’ha de rebre està lluny 😉
Visca l’amor que m’ha donat l’amiga
fresca i polida com un maig content!
Visca l’amor
l’he cridada i venia -tota era blanca com un glop de llet.
A sota us enganxe diverses adreces per enviar roses i recursos relacionats.
Personalitzeu la vostra pròpia rosa al web de Sant Jordi mata el drac…, adjunteu-hi un poema com el de Salvat-Papasseit que acompanya aquest article o d’altres… i envieu-les per correu electrònic.
Artísticament contextualitzades, com la de sota, també podeu triar una de les de Rosa.cat.
I per acabar, algunes propostes ràpides, per si no encara no sabeu amb que acompanyar les roses…
L’any de la Química a permés l’edició en català de l’espectacular The elements de Theodore Gray. Molt més que un recull d’imatges d’elements del nostre voltant.
Una lectura ràpida, amena i sempre curiosa és El Martell de deu d’Arthur C. Clarke. Ciència-ficció, realitat virtual, viatges a Mart,… i a més ens permet re-plantejar-nos el nostre lloc a l’Univers. A sota en teniu un tastet digitalitzat.
Per visualitzar clarament les causes d’aquesta darrera crisi, però amb un format àgil i gràfic com és el del còmic, la trilogia de Denis RobertEl negoci dels negocis.
Per anar enllaçant la unitat de proteïnes amb la d’àcids nucleics, anem practicant la relació entre codi genètic i protèic.
Ho farem a partir d’una pràctica de bioinformàtica i genètica de la UAB i -amb un nivell més avançat- de l’estudi de doctorat sobre bioinformàtica i proteïnes del IMB del CSIC. Per si algú vol idees per al treball de recerca 😉
Dels diferents exercicis i problemes relacionats amb l’ús d’eines bionformàtiques, heu de contestar les qüestions de l’exercici 1 per cercar informació sobre una seqüència coneguda d’ADN. I sobre l’estructura de les proteïnes, l’exercici 7 del curs on-line de l’IMB del CSIC.
Per contestar el primer exercici fareu servir el programa del NCBI Basic Local Alignment Search Tool BLASTn per cercar seqüències semblants a la problema. Teniu més informació sobre el programa ací o ací. Altra versió del programa més senzilla des de la Universitat de Kyoto.
Per al segon exercici haureu de visitar el portal Uniprot de l’EBI. Sobre proteïnes, també podeu consultar l’extensa base de dades del ExPASy o del BLASTp.
Pel mateix preu, teniu una repassada a les proteïnes i el codi d’una o tres lletres de les equivalències dels aminoàcids.
A més de la informació sobre l’estructura i les diverses families d’aminoàcids, també podeu avaluar-vos a la secció de problemes o provar la identificació d’estructures o de codis. Teniu una figura amb els codis d’una i tres lletres.
I per anar fent goleta, un vídeo animat de la síntesi als ribosomes d’una proteïna a partir de l’ARN
