Replicació i transcripció.

Per treballar el Dogma Central de la Biologia Molecular, avuí començarem amb els processos de replicació i transcripció de l’ADN i el concepte d’empaquetament.

Per fer-ho heu de completar les següents activitats en un document de text i en acabar feu-me’l arribar al correu.

La majoria de les activitats estan adaptades del projecte Biologia en context

  1. Ordeneu per nivell de complexitat de l’organització els següents conceptes, ajudeu-vos d’aquesta web o l’animació de sota: Gen, Individu pluricel·lular, teixit, hèlix de DNA, cèl·lula, genoma, cromatina, nucleòtids, òrgan, base nitrogenada, nucli
  2. Feu una ullada al vídeo i a l’animació sobre l’empaquetament del DNA, a continuació escriviu una descripció en 10 línies de com té lloc aquest empaquetament. Podeu capturar imatges que us ajudin en la vostra descripció. Assegureu-vos que la vostra descripció és completa, per exemple, no podeu deixar d’explicar quina relació té la cromatina amb el DNA o de quines molècules estan formats els nucleosomes.
  3. Centrant-nos en la replicació, feu una ullada a aquesta animació i, després, captureu les imatges d’aquesta pàgina. Escriviu al costat d’elles una petita descripció del que hi passa. En la primera vinyeta, afegiu-hi la definició de la duplicació del DNA i quina funció té cadascun dels enzims en aquest procés. Poseu en les molècules del DNA el sentit del filament. Ajudeu-vos d’aquest vídeo o de les animacions de John Hopkins o Wiley.
  4. Llegeix el PDF sobre les evidències de la replicació semiconservativa i contesta les qüestions
  5. Repetiu el procés de l’activitat 3, però ara amb el procés de transcripció. En aquesta pàgina trobareu les vinyetes i en aquesta l’animació. Teniu més informació en aquestes animacions de John KyrkPhSchool o la Universitat de Nebraska.
  6. Modificacions post-transcripcionals. Modificacions post-transcripcionals. Un cop ha estat sintetitzat, l’ARNm ha de patir un seguit de modificacions postranscripcionals durant les quals s’afegiran una sèrie de components, com ara un caputxó metilat i una cua d’adenines a la cadena polinucleotídica. En aquesta animació podeu visualitzar el procés (si no queda clara, podeu accedir a una traducció). Acabat aquest procés, es retiraran certs segments de l’ARNm que no codifiquen per proteïnes: els introns. Podeu veure cóm es fa i els elements que intervenen (també hi ha traducció). Teniu més informació ací i ací. Completeu al vostre document les dues activitats d’aquesta pàgina.
  7. Completeu el següent test i expliqueu el paper que desenvolupen la regió iniciadora i terminadora del ADN.

Tot seguit més enllaços per ampliar informació, a més dels de l’entrada anterior…

  • Podeu visualitzar diverses molècules fent servir el Biomodel, en concret els àcids nucleics i entre d’elles nucleòtids, DNA o RNA
  • A la pàgina de l’IES Josep Miquel i Guàrdia trobareu més animacions sobre els diversos processos. I també al blog d’Àngels.
  • Més activitats en les pàgines de Nclark, Pearson o
  • A banda de reproduir aquest model de la molècula d’ADN o avançar el proper procés jugant amb el codi genètic.

[kml_flashembed movie="http://www.youtube.com/v/X6bdNCuK-zw" width="425" height="350" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www.pbs.org/wgbh/nova/photo51/media/journey.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://berosus.org/naturals/Activitats/genetica/genetic/replicacio%20bidireccional.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www.stolaf.edu/people/giannini/flashanimat/molgenetics/dna-rna2.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www.stolaf.edu/people/giannini/flashanimat/molgenetics/transcription.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

El poder de la informació, introduint els àcids nucleics

Doble hèlix
Doble hèlix

Tot seguit teniu els objectius  i uns enllaços per introduir la unitat dels àcids nucleics, El poder de la informació, àcids nucleics i la seva expresió.

Pel que respecta als objectius, en acabar la unitat haurieu de:

  1. Descriure un experiment que permeti assegurar que l’ADN és el material genètic

  2. Conèixer l’estructura i els components dels àcids nucleics

  3. Vincular l’estructura dels DNA i l’RNA amb les funcions que desenvolupen

  4. Explicar la importància de les proteïnes per a la vida i posar-ne exemples.

  5. Explicar com està empaquetat l’ADN als cromosomes

  6. Raonar el caràcter dual de l’ADN, com a mantenidor de la informació i permetent alhora canvis

  7. Explicar de forma senzilla l’expressió dels gens

  8. Diferenciar els processos de replicació, transcripció i traducció del material genètic.

  9. Raonar un experiment que demostri que la duplicació és semiconservativa.

  10. Explicar el model de replicació de l’ADN, enumerant els principals enzims implicats i la seva funció

  11. Deduir la seqüència d’aminoàcids corresponents a una cadena d’àcid nucleic determinada

  12. Conèixer els mecanismes més importants de regulació de l’expressió gènica.

  13. Aplicar els coneixements adquirits per predir resultats experimentals

S. Harris DNA Cartoons
S. Harris DNA Cartoons

Per anar introduint el coneixement dels àcids nucleics,  us adjunte un seguit d’enllaços amb més recursos:

[slideshare id=5934426&doc=cidsnucleics-101127114637-phpapp02]

[slideshare id=2360006&doc=bio1rbatxunitat3rnaadn-091027141841-phpapp02]

[kml_flashembed movie="http://www.lourdesluengo.es/animaciones/unidad4/adnconstruye.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www.dnaftb.org/files/swf/con17ani.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://berosus.org/naturals/Activitats/genetica/genetic/meselson-stahl.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www.stolaf.edu/people/giannini/flashanimat/molgenetics/dna-rna2.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www.stolaf.edu/people/giannini/flashanimat/molgenetics/transcription.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www.stolaf.edu/people/giannini/flashanimat/molgenetics/translation.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www.wiley.com/college/pratt/0471393878/student/animations/dna_replication/dna_replication.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www-class.unl.edu/biochem/gp2/m_biology/animation/m_animations/gene2.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

Enzims i activitat enzimàtica

Per ampliar continguts sobre els enzims, podeu fer servir els segünets enllaços:

[slideshare id=4516514&doc=tema6enzims-100616075821-phpapp01]

[kml_flashembed movie="http://www.youtube.com/v/VXNsr6Rc6ok" width="425" height="350" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www.youtube.com/v/PILzvT3spCQ" width="425" height="350" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www.lourdesluengo.es/animaciones/unidad8/reaccion_enzimatica.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www.lourdesluengo.es/animaciones/unidad8/inhibicion_enzimatica.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www.lourdesluengo.es/animaciones/unidad8/especificidad.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://biomodel.uah.es/biomodel-misc/anim/enz/transition_state.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://biomodel.uah.es/biomodel-misc/anim/enz/allosteric.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

Activitats dieta saludable, dieta equilibrada de CMC

Després de plantejar-nos inicialment els efectes dels hàbits en l’alimentació amb les activitats de SuperSizeMe, reflexionarem ara sobre l’efecte dels transtorns alimentaris a partir del visionat del programa 21 dies sense menjar, per acabar el bloc treballant sobre la nostra pròpia dieta.

Des d’aquest enllaç heu de baixar-vos les activitats en PDF, tot i que per a completar-les heu de començar fent un seguiment -i prenent nota al llarg d’una setmana- dels aliments que ingeriu al llarg del dia, com indica l’activitat número cinc.

Altra informació relativa les activitats:

[kml_flashembed movie="http://ntic.educacion.es/w3//eos/MaterialesEducativos/mem/nutricion/indice2.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[slideshare id=954168&doc=alimentaci-i-nutrici-1232988030542575-1]

[slideshare id=1112224&doc=alimentacio-090306144545-phpapp01]

Roses digitals i lectures de qualsevol format

Rosa digital

Pel 23 d’abril -o per quan siga- a més de les roses orgàniques sempre fa comboi rebre i/o enviar una rosa virtual…. sobretot si la gent que l’ha de rebre està lluny 😉

Visca l’amor que m’ha donat l’amiga
fresca i polida com un maig content!
Visca l’amor
l’he cridada i venia

-tota era blanca com un glop de llet.

Visca l’amor que Ella també es delia:

visca l’amor:
la volia i l’he pres.

Joan Salvat-Papasseit

A sota us enganxe diverses adreces per enviar roses i recursos relacionats.

Rosa.cat
Rosa.cat

I per acabar, algunes propostes ràpides, per si no encara no sabeu amb que acompanyar les roses…

  • L’any de la Química a permés l’edició en català de l’espectacular The elements de Theodore Gray. Molt més que un recull d’imatges d’elements del nostre voltant.
  • Una lectura ràpida, amena i sempre curiosa és El Martell de deu d’Arthur C. Clarke. Ciència-ficció, realitat virtual, viatges a Mart,… i a més ens permet re-plantejar-nos el nostre lloc a l’Univers. A sota en teniu un tastet digitalitzat.
  • Per visualitzar clarament les causes d’aquesta darrera crisi, però amb un format àgil i gràfic com és el del còmic, la trilogia de Denis Robert El negoci dels negocis.

[kml_flashembed movie="http://www.musicadepoetes.cat/app/musicadepoetes/swf/mp3.swf" width="100" height="90" wmode="transparent" /]

[scribd id=7263332 key=key-hj9xoc7lzmy382zgut3 mode=list]

Gravetat musicada a l’Schoolhouse rock

The Tokens és un grup de doo-wop amb molts anys a l’esquena. Una de les seves composicions reuneix a Galileu i Newton, entre d’altres situacions quotidianes, per repassar els efectes de la gravetat.

La cançó és Victim Of Gravity i fou gravada el 1975 per a la sèrie Schoolhouse rock!.

Des d’aquest enllaç podeu accedir a les lletres de totes les cançons de la sèrie i al youtube trobareu una llista de repoducció amb la majoria d’elles.

[kml_flashembed movie="http://www.youtube.com/v/j8Y46S5OmGU" width="425" height="350" wmode="transparent" /]

Participem a la V edició dels premis Espiral Edublogs

Logotipus del V Premi Espiral Edublogs 2011
Logotipus del V Premi Espiral Edublogs 2011

Enguany he tret el blog a l’aparador i l’he presentat als Premis Espiral Edublogs. Més que res, per veure si plou alguna crítica constructiva i poder comparar i agafar idees d’altres propostes semblants. 😛

I és que es tracta d’un molt bon aparador, que del 2007 ençà ha anat fent camí i s’ha consolidat com un premi de referència en l’àmbit educatiu. Ha passat dels 168 blogs presentats el 2007, als  947 blogs i 174.000 entrades el 2010.  Per aquest any ja van per dalt del miler…

En aquest enllaç teniu més informació del premi. Podeu fer una ullada als blogs que es presenten enguany. O als guanyadors de l’edició passada.

També podeu seguir-los al feisbuc, les seves piulades o l’etiqueta #espiraledublogs

Ep, i encara teniu fins al dia 30  de termini per apuntar-vos. 😉

Aplicacions bioinformàtiques i proteïnes

Per anar enllaçant la unitat de proteïnes amb la d’àcids nucleics, anem practicant la relació entre codi genètic i protèic.

Ho farem a partir d’una pràctica de bioinformàtica i genètica de la UAB i -amb un nivell més avançat- de l’estudi de doctorat sobre bioinformàtica i proteïnes del IMB del CSIC. Per si algú vol idees per al treball de recerca 😉

Dels diferents exercicis i problemes relacionats amb l’ús d’eines bionformàtiques, heu de contestar les qüestions de l’exercici 1 per cercar informació sobre una seqüència coneguda d’ADN. I sobre l’estructura de les proteïnes, l’exercici 7 del curs on-line de l’IMB del CSIC.

Per contestar el primer exercici fareu servir el programa del NCBI Basic Local Alignment Search Tool BLASTn per cercar seqüències semblants a la problema. Teniu més informació sobre el programa ací o ací. Altra versió del programa més senzilla des de la Universitat de Kyoto.

Per al segon exercici haureu de visitar el portal Uniprot de l’EBI. Sobre proteïnes, també podeu consultar l’extensa base de dades del ExPASy o del BLASTp.

Pel mateix preu, teniu una repassada a les proteïnes i el codi d’una o tres lletres de les equivalències dels aminoàcids.

[slideshare id=1196975&doc=bioinformaticaproteinas-090325115928-phpapp01]

La química dels aminoàcids al Biology Project

Formació dun enllaç peptídic
Formació d'un enllaç peptídic

Per a poder formar els pròtids, com el dipèptid de la imatge de la formació d’un enllç peptídic de sobre, cal anar ensamblant els seus monòmers.

Per acabar d’ensamblar els vostres coneixements sobre els aminoàcids, us adjunte uns enllaços al portal The Chemistry of Amino Acids del Biology project .

A més de la informació sobre l’estructura i les diverses families d’aminoàcids, també podeu avaluar-vos a la secció de problemes o provar la identificació d’estructures o de codis. Teniu una figura amb els codis d’una i tres lletres.

I per anar fent goleta, un vídeo animat de la síntesi als ribosomes d’una proteïna a partir de l’ARN

Estructura bàsica dun aminoàcid
Estructura bàsica d'un aminoàcid

Protein synthesis from countingthoughts on Vimeo.

Protein synthesis from countingthoughts on Vimeo.

Continuen els moviments de terra al Japó

Escala dintensitat sísmica de la JMA
Escala d'intensitat sísmica de la JMA

Unes setmanes després del potent terratrèmol de magnitud 9 de l’11 de març passat a la costa pacífica de Tohoku, tornen els moviments per sobre de magnitud 7.

A hores d’ara s’ha desactivat l’alerta per Tsunami i aquesta vegada els efectes semblen menys impactants…

La intensitat del sisme serà, per tant, previsiblement menor. Per valorar-la si hi passeu alguna vegada, podeu fer servir l’escala d’intensitat sísmica de l’agència meteorològica japonesa (JMA), resumida en la imatge de la dreta o ampliada en aquest PDF.

Més informació en una entrada anterior sobre terratrèmols i dinàmica o en les xarxes de seguiment de sismes USGS o EMSC. També podeu seguir-ho via piulades en @QuakeReports

Activitat sísmica pel vols del Japó (1924-2008)
Activitat sísmica pel vols del Japó (1924-2008)