Animacions – Pàgina 2

Del Big-Bang fins avui, una animada evolució

A sota teniu l’enllç a una animació d’una línia del temps des de Big-Bang fins a l’actualitat. Inclou esdeveniments, organismes i algunes de les aparicions més sonades 😉

[flv]http://www.johnkyrk.com/evolution.swf[/flv]

La vida, en un cicle d’un minut, és molt dura

El vídeo One minute fly és una trepidant animació -amb uns anys a l’esquena- que visualitza l’estressant vida de la Mosca d’un minut o el vol (la vida) en un minut…

Gaudiu-lo i plantegeu-vos que, tot i que hi ha temps per a tot, cal organitzar-se be que a la vida hi ha molta feina a fer i mai saps quan de temps tindràs ni on acabaràs 😉

[youtube]http://www.youtube.com/watch?v=6Wf8yEb1cwY[/youtube]

Fukushima, encara, per dins i per fora

Ara farà sis mesos de l’accident de Fukushima i, alguns, ja tracten de tirar sorra sobre el tema a cop d’actualitat fugisera o de reescriure‘l amb poderosos medis i mitjans.

Tot i que l’endemà mateix dels fets ja es posaven sobre la taula els pitjors escenaris possibles, el degoteig de notícies tranquilitzants, més que no tranquilitzadores, s’entesta a conviure amb d’altres fets no tan optimistes. Feu-vos-en una idea amb la línia dels esdeveniments de sota.

Ara, dic, és un bon moment per a començar a recopilar informació per a fer un balanç més equilibrat i amb perspectiva. A l’espera d’un article més dens, us adjunte algunes píndoles per a què valoreu també vosaltres.

Primer de tot un gràfic de la quantitat relativa dels diversos tipus de reactors operatius. Com els de Fukushima -reactors d’aigua en ebullició (BWR)- hi ha 92 operatius al món (entre ells Cofrents 🙁 ) prop del 21% del total.
Portals de seguiment de l’accident de la IAEA i de l’empresa ex-propietària TEPCO. També en té un semblant el JAIF japonés.
Algunes claus i una petita síntesi del que va passar des de la UPC.
Portal de seguiment de la crisi del col·lectiu japonés Green Action
Un recull crític de notícies, a càrrec del portal Energia sostenible, que també recopila reportatges i testimonis. Hi ha un segon recull al web Tanquem les nuclears.
Comparativa als blogs del Nature, de l’emissió de radiació a Fukushima i Chernobil. També inclou un complet monogràfic.
També podeu fer una ullada a la webcam de l’empresa TEPCO o una passejada, de la mà del foto-peridiosta Kazuma Obara i de la guia interactiva del Guardian, tant a l’interior de la central com a l’exterior, per fer-vos una idea de l’estat actual.
I finalment, no oblidem la tasca dels liquidadors i extraiem-ne conclusions de futur, com recordava Juli Peretó en un apunt de fa uns mesos o algunes lliçons operatives, com apuntava més recentment Àngel Manuel al Notícies d’In

[youtube]http://www.youtube.com/watch?v=FGtxrW9d6g0[/youtube]

Fukushima inside

Fukushima disaster on Dipity.

via chartsbin.com

Mapejant l’estudi, l’estiu o el rumb

Ara que és temps de viatges i moviments, és un bon moment per fer una ullada a diversos mapes -i no faig referència als dels temps– , disponibles a la xarxa i lleugerament diferents dels plànols als que podem estar habituats…

A més d’aquestes entrades anteriors amb enllaços diversos o paleomapes, podem trobar:

Worlmapper, és un portal amb vora 700 mapa-mundis i algunes animacions, on s’altera la forma de països i continents per reflectir variables diverses. A més de generar la imatge del mapa, podeu accedir a completes fitxes les dades en fulls de càlcul o un PDF corresponent amb algunes dades d’interés, Els mateixos autors mantenen el blog Views of the world, amb nous mapes actualitzats. Com a exemple teniu la distribució de llits hospitalaris; despesa militar el 2002; llibres prestats a biblioteques públiques o despesa en educació secundària.
El portal Geology.com inclou una completa secció de mapes físics, polítics i imatges de satèlit.
Amb accés en línia, també podeu treballar amb el conegut Googlemaps o el menys conegut Map machine , que és un atlas de la secció de mapes de la National Geographic. També hi trobareu el pols de la Terra, coleccions per imprimir o trencaclosques diversos.
També trobareu diversitat temàtica a la secció Cartographie de Le Monde Diplomatique.
Des del CREAF, podeu descarregar l’aplicació Miramon, que permet la visualització, consulta i impressió de mapes i cape.
Tot i que molts d’ells són de venda, inclouen marques d’aigua o són de temàtica curiosa, des de Maps of the World, podeu accedir a un bon grapat de mapes físics i polítics. Alguns són descarregables a petit format.
Per començar a treballar-hi l’Enrique Alonso a fet un recopilació de mapes interactius i a l’Edu365 hi ha també una petita aplicació i un bon reservori cartogràfic en formats diversos. Hi han més recursos al web de Ciències Socials.
D’una forma més desenfadada, hi ha qui fa anys que es dedica a recopilar i comentar curiositats cartogràfiques i mapes extranys, com fa Frank Jacobs. O d’altres, com el blog Maps that matter, que reflexionen sobre la influència dels mapes. Al BetesiClicks podreu trobar altres curiositats.
Tot això en formats estàtics, però en entrades anteriors ja haviem fet referència a programes com el GoogleEarth -que ja va per la sisena versió- o el Virtual Ocean que treballen amb imatges de satèlit dinàmiques.

Música per anar acabant… Meet the elements

Ara que ja apreta la calor i estem en els darrers dies de proves i treballs, però encara dins de l’any de la química, altra cançoneta dels They might be giants (TMBG)… Meet the elements

Seguiu-los les piulades, al canals de vídeo o MySpace i al feisbuc

[kml_flashembed movie="http://www.youtube.com/v/Uy0m7jnyv6U" width="425" height="350" wmode="transparent" /]

Mutacions, tipus i efectes

A banda d’una animació sobre la hibridació de que parlavem ahir, tot seguit teniu les activitats que heu de completar sobre les mutacions per pendre consciència de la seua importància i dels agents que les poden causar.

Com sempre, els resultats en un document de text i en acabar feu-me’l arribar al correu.

Fes una ullada a les definicions del Comsoc i a la següent presentació de diapositives sobre mutacions i enginyeria genètica (hi ha versió simplicada) i explica, fent servir exemples, les diferències entre les mutacions gèniques, genòmiques i cromossòmiques.
Llegeix la informació sobre les mutacions del projecte Biosfera i pren nota de les respostes correctes de l’activitat que relaciona patologies i mutacions.
Mira les diapositives del Institut Nacional del Càncer sobre mutacions hereditàries i adquirides, captura’n les imatges i explica’n les diferències.
Visualitza les animacions de McGrawHill sobre mutacions per substitució i adicions i delecions i contesta els qüestionaris.
Completa l’activitat sobre mutacions genètiques i proteïnes. Pren nota de la taula i contesta les qüestions
Visita ara aquesta pàgina amb quatre problemes resolts, planteja’t la teva resposta i contrasta-la. Tot seguit pren nota de la resposta indicant en que anaves encertat i en que no.
Ves ara a la pàgina de la Universitatde Utah i fes les activitats SLOOZE WORM MUTAGENESIS i MUTATE A DNA SENTENCE!. Pren nota de les nou qüestions.
Per sintetitzar, visita ara el simulador Mutations: Changing the Genetic Code i pren nota dels resultats de les set activitats.
Fes una ullada a l’article Evolució molecular, el rellotge de la vida del monogràfic Evolució de la revista Mètode i fes-ne una crítica en 10 línies.
Finalment, transforma el teu nom en una seqüència d’ADN i pren nota dels efectes dels diversos tipus de mutacions amb aquest simulador.

Més informació:

PDF sintètic de l’IES Guillem Guifré.
Diagrames sobre les causes de les mutacions i una animació de la revista Ciències.
Sobre reparacions en l’ADN i tipus de mutacions.
Alguns vídeos compilats al BiologyAnimations.
Vídeos de l’efecte de l’acomulació de danys al DNA
Relació entre les mutacions i la malaltia de Huntington
Mutacions i diagnòstic en PDF.
Animació sobre genètica de l’herència, inclou un apartat sobre mutacions.
Més informació i enllaços a la pàgina del Toni Cassan, de la Lourdes Luengo i de la UCM.
Molts més enllaços i recursos a la pàgina de Nclark
Portal del programa Mutalyzer 2.0

[slideshare id=4320458&doc=ud11-lesmutacionselsgensilenginyeriagentica-100526140519-phpapp02]

[slideshare id=6674115&doc=mutacions-110123112740-phpapp02]

[kml_flashembed movie="http://highered.mcgraw-hill.com/sites/dl/free/0072556781/192785/anim0041.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://highered.mcgraw-hill.com/sites/dl/free/0072556781/192785/anim0044.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://berosus.org/naturals/Activitats/genetica/genmol/mutacion.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

Coneixent el genoma, la canço de la PCR i electroforesi en gel

Hi ha un seguit de cançons dedicades a la PCR i d’altres tècniques de laboratori, us penge aquesta per allò de que és un projecte col·lectiu… 😉

Pel mateix preu, ara més seriosament, altra tècnica d’estudi usual al laboratori, una animació d’una electroforesi d’àcids nucleics en gel

Totes aquestes tècniques han ajudat a millorar el coneixement que tenim sobre els àcids nucleics i arribar a plantejar-nos, com fa Larry Moran, Què hi ha al nostre genoma? i trobar que, aparentment , la part essencial/funcional del genoma està al voltant del 8,7%; el DNA escombreria està vorejant el 65% i aquell encara desconegut al voltant del 26.3%

[kml_flashembed movie="http://www.youtube.com/v/x5yPkxCLads" width="425" height="350" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www2.uah.es/biomodel/biomodel-misc/anim/elfo/gel_electrophoresis.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

Traducció i síntesi de proteïnes

Fluxe dinformació biològica — Fluxe d'informació biològica

Després de les activitats sobre replicació i transcripció, el darrer procés a tractar és la traducció.

Amb això acabem de plantejar els tres processos de l’anomenat Dogma central de la Biologia molecular, tot i que realment no és gens dogmàtic i ha patit diverses reformulacions des del seu plantejament per part de Francis Crick.

Avui en dia ve a dir alguna cosa semblant a que la informació de l’àcid nucleic es pot perpetuar o transferir, però que la transferència de la informació a proteïnes és irreversible.

Com a les activiats anteriors, heu de completar les següents activitats en un document de text i en acabar feu-me’l arribar al correu.

La majoria de les activitats estan adaptades del projecte Biologia en context

Centrant-nos en la traducció, feu una ullada a aquesta animació i, després, captureu les imatges d’aquesta pàgina. Escriviu al costat d’elles una petita descripció del que hi passa. En la primera vinyeta, afegiu-hi la definició de la traducció del RNA i quina funció té cadascun dels enzims en aquest procés. Poseu en les molècules del RNA el sentit del filament. Ajudeu-vos de la informació del web Nobelprize, d’aquest vídeo o de les animacions de John Hopkins
Per reflexionar sobre el concepte de gen, codi genètic i la correspondència entre la informació continguda el la seqüència de nucleòtids en format ADN i la continguda en l’estructura primària de les proteïnes en format aminoàcids, entreu a la següent pàgina i, després de llegir els textos dels enllaços, contesteu a les sis qüestions que s’hi plantegen.
Completeu la correspondència del codi genètic de l’animació de Lourdes Luengo.
Construïu ara el polipèptid corresponent a la molècula d’RNA i feu una captura de pantalla.
Transcriu les frases correctes sobre la síntesi de proteïnes i còpia el text complet sobre el codi genètic.
Completeu el següent test i expliqueu qui forma i el paper que desenvolupen el complex iniciador i el codó de terminació en la traducció.
Captura les imatges corresponents i identifica els processos del Dogma central de la Biologia Molecular i els elements implicats en la traducció.
Finalment, com a síntesi dels tres processos, resol els 15 problemes del Biology Project i pren nota de les respostes correctes.

Altres recursos a tindre en compte són els següents:

Una ullada general al procés de traducció.
Completar l’expresió dels gens en Eucariotes al Biology project.
Més animacions sobre la traducció als webs de Lourdes Luengo, Nobelprize.org amb una segona més senzilla, Concord o la Universitat de Nebraska.
Construïu el vostre ribosoma per visualitzar la síntesi.
DNA workshop on
Jugueu a trencar el codi genètic

[kml_flashembed movie="http://www.stolaf.edu/people/giannini/flashanimat/molgenetics/translation.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www.sumanasinc.com/webcontent/animations/content/translation.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www.lourdesluengo.es/animaciones/unidad13/codigoejercicio.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www.lourdesluengo.es/animaciones/unidad13/traduccion.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://nobelprize.org/educational/medicine/dna/a/translation/animations/translation.dcr" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://nobelprize.org/educational/medicine/dna/b/translation/animation/translation.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www.concord.org/~btinker/workbench_web/models/eukTranslation.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www-class.unl.edu/biochem/gp2/m_biology/animation/m_animations/gene3.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www.phschool.com/science/biology_place/biocoach/images/translation/tlint.dcr" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

Replicació i transcripció.

Per treballar el Dogma Central de la Biologia Molecular, avuí començarem amb els processos de replicació i transcripció de l’ADN i el concepte d’empaquetament.

Per fer-ho heu de completar les següents activitats en un document de text i en acabar feu-me’l arribar al correu.

La majoria de les activitats estan adaptades del projecte Biologia en context

Ordeneu per nivell de complexitat de l’organització els següents conceptes, ajudeu-vos d’aquesta web o l’animació de sota: Gen, Individu pluricel·lular, teixit, hèlix de DNA, cèl·lula, genoma, cromatina, nucleòtids, òrgan, base nitrogenada, nucli
Feu una ullada al vídeo i a l’animació sobre l’empaquetament del DNA, a continuació escriviu una descripció en 10 línies de com té lloc aquest empaquetament. Podeu capturar imatges que us ajudin en la vostra descripció. Assegureu-vos que la vostra descripció és completa, per exemple, no podeu deixar d’explicar quina relació té la cromatina amb el DNA o de quines molècules estan formats els nucleosomes.
Centrant-nos en la replicació, feu una ullada a aquesta animació i, després, captureu les imatges d’aquesta pàgina. Escriviu al costat d’elles una petita descripció del que hi passa. En la primera vinyeta, afegiu-hi la definició de la duplicació del DNA i quina funció té cadascun dels enzims en aquest procés. Poseu en les molècules del DNA el sentit del filament. Ajudeu-vos d’aquest vídeo o de les animacions de John Hopkins o Wiley.
Llegeix el PDF sobre les evidències de la replicació semiconservativa i contesta les qüestions
Repetiu el procés de l’activitat 3, però ara amb el procés de transcripció. En aquesta pàgina trobareu les vinyetes i en aquesta l’animació. Teniu més informació en aquestes animacions de John Kyrk, PhSchool o la Universitat de Nebraska.
Modificacions post-transcripcionals. Modificacions post-transcripcionals. Un cop ha estat sintetitzat, l’ARNm ha de patir un seguit de modificacions postranscripcionals durant les quals s’afegiran una sèrie de components, com ara un caputxó metilat i una cua d’adenines a la cadena polinucleotídica. En aquesta animació podeu visualitzar el procés (si no queda clara, podeu accedir a una traducció). Acabat aquest procés, es retiraran certs segments de l’ARNm que no codifiquen per proteïnes: els introns. Podeu veure cóm es fa i els elements que intervenen (també hi ha traducció). Teniu més informació ací i ací. Completeu al vostre document les dues activitats d’aquesta pàgina.
Completeu el següent test i expliqueu el paper que desenvolupen la regió iniciadora i terminadora del ADN.

Tot seguit més enllaços per ampliar informació, a més dels de l’entrada anterior…

Podeu visualitzar diverses molècules fent servir el Biomodel, en concret els àcids nucleics i entre d’elles nucleòtids, DNA o RNA
A la pàgina de l’IES Josep Miquel i Guàrdia trobareu més animacions sobre els diversos processos. I també al blog d’Àngels.
Més activitats en les pàgines de Nclark, Pearson o
A banda de reproduir aquest model de la molècula d’ADN o avançar el proper procés jugant amb el codi genètic.

[kml_flashembed movie="http://www.youtube.com/v/X6bdNCuK-zw" width="425" height="350" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www.pbs.org/wgbh/nova/photo51/media/journey.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://berosus.org/naturals/Activitats/genetica/genetic/replicacio%20bidireccional.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www.stolaf.edu/people/giannini/flashanimat/molgenetics/dna-rna2.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www.stolaf.edu/people/giannini/flashanimat/molgenetics/transcription.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

El poder de la informació, introduint els àcids nucleics

Tot seguit teniu els objectius i uns enllaços per introduir la unitat dels àcids nucleics, El poder de la informació, àcids nucleics i la seva expresió.

Pel que respecta als objectius, en acabar la unitat haurieu de:

Descriure un experiment que permeti assegurar que l’ADN és el material genètic
Conèixer l’estructura i els components dels àcids nucleics
Vincular l’estructura dels DNA i l’RNA amb les funcions que desenvolupen
Explicar la importància de les proteïnes per a la vida i posar-ne exemples.
Explicar com està empaquetat l’ADN als cromosomes
Raonar el caràcter dual de l’ADN, com a mantenidor de la informació i permetent alhora canvis
Explicar de forma senzilla l’expressió dels gens
Diferenciar els processos de replicació, transcripció i traducció del material genètic.
Raonar un experiment que demostri que la duplicació és semiconservativa.
Explicar el model de replicació de l’ADN, enumerant els principals enzims implicats i la seva funció
Deduir la seqüència d’aminoàcids corresponents a una cadena d’àcid nucleic determinada
Conèixer els mecanismes més importants de regulació de l’expressió gènica.
Aplicar els coneixements adquirits per predir resultats experimentals

Per anar introduint el coneixement dels àcids nucleics, us adjunte un seguit d’enllaços amb més recursos:

Una repassada através de diversos problemes del Biology project. I de quin monòmer es tracta?
Portal multimèdia DNA from the beginning, amb la recreació en diversos formats dels 75 experiments que han catapultat la biologia molecular i actualitzat la genètica.
Un tour bàsic des del complet portal de LearnGenetics de la universitat de Utah.
Tutorial sobre l’estructura dels àcids nucleics i la seva seqüenciació. També la replicació i la transcripció.
Animacions des de l’IES Josep Miquel Guàrdia sobre genètica molecular i experiments clàssics (entre ells els de Meselson i Stahl o el de Avery, MacLeod i McCarthy).
Animacions sobre l’estructura de l’ADN i sobre els processos de replicació, transcripció i traducció.
La replicació i la transcripció amb una mica més de detall.
Gran quantitat de recursos als blogs de Toni Cassany i també al web de Lourdes Luengo, animacions sobre la formació d’un nucleòtid, un enllaç fosfodiéster o la complementarietat de bases. Tot això us capacitat per construir el vostre fragment d’ADN.
Més animacions des del Bio-Alive, l’HHMI i al Biologycorner.
Tot i que ja la treballerem el proper curs, al BMols de Miquel Mulet trobem la ciclació de les pentoses amb enllaços hemiacetàlics i nucleòtids en 3D.
Dos mapes conceptuals sobre els àcids nuclèics i l’ARN
Una petita síntesi des de l’IES Tremp o des de l’Aula Virtual de Biologia sobre els àcids nucleics i sobre els processos.
Presentació de diapositives general, una segona i altra en PDF.
Videos sobre l’estructura de l’ADN i els processos de replicació, traducció . També podeu trobar els procés de maduració de RNAm, la tècnica de la PCR o el genoma humà.
El programa Codigene, és un programa que permet visualitzar i practicar amb els tres processos bàsics (replicació, transcripció i traducció). Podeu descarregar-lo desde els enllaços de l’IES Vicenta Ferrer o l’IES Ramon Olleros.
També teniu el GenExplorer i altre programari més avançat.
I per desestressar-vos acoloriu els processos de transcripció i traducció o la molècula de DNA.

[slideshare id=5934426&doc=cidsnucleics-101127114637-phpapp02]

[slideshare id=2360006&doc=bio1rbatxunitat3rnaadn-091027141841-phpapp02]

[kml_flashembed movie="http://www.lourdesluengo.es/animaciones/unidad4/adnconstruye.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www.dnaftb.org/files/swf/con17ani.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://berosus.org/naturals/Activitats/genetica/genetic/meselson-stahl.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www.stolaf.edu/people/giannini/flashanimat/molgenetics/dna-rna2.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www.stolaf.edu/people/giannini/flashanimat/molgenetics/transcription.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www.stolaf.edu/people/giannini/flashanimat/molgenetics/translation.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www.wiley.com/college/pratt/0471393878/student/animations/dna_replication/dna_replication.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]

[kml_flashembed movie="http://www-class.unl.edu/biochem/gp2/m_biology/animation/m_animations/gene2.swf" width="500" height="450" wmode="transparent" /]