Un microorganisme, també anomenat microbi, és un ser viu que només pot visualitzar-se amb el microscopi.

Els microorganismes són formes de vida molt petites que només poden ser observats a través del microscopi. En aquest grup estan incluits els bacteris, els virus, els mohos i les levadures.

[kml_flashembed movie="http://www.youtube.com/v/x1ErCyZCFw8" width="325" height="250" wmode="transparent" /]

Alguns microorganismes poden causar la deterioració dels aliments entre els quals es troben els microorganismes patògens, que al seu torn poden ocasionar malalties a causa del consum d’aliments contaminats. Normalment, existeixen certs microorganismes patògens que no causen una deterioració visible en l’aliment.
Els microorganismes són organismes dotats d’individualitat que presenten, a diferència de les plantes i els animals, una organització biològica elemental. En la seva majoria són unicel·lulars.
Els microbis tenen múltiples formes i grandàries. Si un virus tingués la grandària d’una pilota de tennis, un bacteri seria de la grandària de mitja pista de tennis i una cèl·lula eucariota seria com un estadi sencer de futbol.
La ciència que estudia als microorganismes és la microbiologia.