Els gèneres temàtics es caracteritzen pels temes que tracten. Tot i això, un anime pot estar categoritzat amb més d’un d’aquests gèneres. En l’anime i en el manga, s’utilitzen els mateixos gèneres que en altres àmbits, com l’acció o la comèdia, però també en tenen de propis que engloben diferents aspectes concrets. Els més coneguts són els següents:

• Cyberpunk: tracta històries de ciència-ficció on la tecnologia està avançada però hi ha un baix nivell de vida.
• Ecchi, és el gènere en el qual es presenten situacions eròtiques, sense mostrar genitals o relacions sexuals, amb comèdia. Normalment els protagonistes són adolescents.
• Gore: és un gènere en el qual hi ha escenes violentes de sang o de terror.

Escena final del primer capítol de l’anime Shingeki no Kyojin.

• Harem: és el gènere en el qual vàries noies estan enamorades del noi protagonista. El gènere en el qual diversos nois estan enamorats de la noia protagonista s’anomena harem invers.
• Hentai: és el gènere en el qual hi ha escenes pornogràfiques que mostren relacions sexuals.
• Mahō shōjo: conegut també com a Magical girl, s’utilitza quan la temàtica gira entorn una o més noies que utilitzen els seus poders per vèncer contra els antagonistes.
• Mecha: és un gènere on s’utilitzen robots gegants.

Imatge de l’EVA-01, un robot creat per defensar la terra dels ángeles, en l’anime Neon Genesis Evangelion.

• Post-apocalíptic: situa la trama en un món, que pot ser o no la Terra, després d’una catàstrofe.
• Shōjo-ai o Yuri: agrupa la temàtica d’amor homosexual entre dones. La seva contrapart, que tracta l’amor homosexual entre homes és el shonen-ai o yaoi.
• Spokon: és el gènere utilitzat per referir-se als animes en els quals el tema principal és l’esport.

Gif d’un partit de voleibol de l’escola Karasuno contra l’escola Aoba Jōsai de l’anime Haikyū!!.