Els independentistes de Santo Domingo van fer campanya contra el domini haitià. Aquests eren dirigits pel comerciant Juan Pablo Duarte, un home culte, el qual al 1838 van constituir La Trinitaria, una organització secreta dedicada a la alliberació de la meitat oriental de la Espanyola de la dominació estrangera. Al març del 1843 es van aliar amb les tropes haitianes descontentes, a mans del general Charles Hérard, i van derrocar a Boyer. Però, a continuació les tropes de Hérard es van tornar contra els nacionalistes dominicans. Duarte va fugir a Veneçuela, mentre per tota l’illa els caps rebels eren arrestats i afusellats.
El vint-i-set de febrer de 1844, Francisco del Rosario Sánchez i Ramón Matías Mella, es van apoderar de la fortalesa Ozama de Santo Domingo i van expulsar als haitians. Els vencedors van declarar la independència i la bandera de la República Dominicana va ondejar a la part més alta de la fortalesa.
Duarte, el patriota a la capdavantera de la lluita per l’alliberació del seu país, va tornar al país i va ser rebut com un heroi, però no va trigar en ser limitat pels poderosos cabdills rurals, els quals combatien entre ells pel poder polític. Un cop més Duarte, es va exiliar.
Els anys que van seguir, van ser testimonis de varies invasions haitianes a la República Dominicana. D’aquesta manera es va imposar una tònica per la qual els cabdills rurals reunien exercits per expulsar als invasors i acte seguit es van instal·lar ells mateixos al poder. La segona meitat del segle XIX va estar així marcada per les disputes internes. En el camp, la població subsistia com podia, mentre els cabdills rivals Pedro Santana i Buenaventura Báez, es van alternar al poder. Al 1861, Santana va negociar de nou amb Espanya l’annexió de la República amb ell mateix com a cap d’Estat. Els buròcrates espanyols no havien après molt de la perduda de la colònia i desprès de substituir ràpidament a Santana, reincideixen en els seus mètodes racistes i repressius.
Al febrer de 1863 Santiago va fer propaganda d’una crida a la insurrecció que posteriorment va desembarcar en la guerra de la Restauració. Desprès d’un any, els rebels havien derrotat als espanyols, els quals van marxar el juliol del 1865. La República va tornar a caure en un obscur i confús període de cops i contracops d’Estat, que es va prolongar cinc dècades. Al 1869, Báez, després de tornar al poder, va intentar fins i tot vendre la totalitat de l’illa als Estats Units per 150.000 dòlars; al president Ulysses S. Grant, que es va mostrar favorable, però el Senat dels Estats Units va rebutjar l’acord. Desesperat per aconseguir diners, Bàez va arrendar aleshores la península de Samaná a la Samana Bay Company, amb base a Nova York.
El país va gaudir d’un curt període de liberalisme amb el president Gregorio Luperón, un exportador de tabac que va governar l’illa des de Puerto Plata durant dos mandats. Després la situació es va veure sotmesa de nou als diferents moviments provocats pels cabdills corruptes, els fets dels quals van tocar fons amb Ulises Heureaux, un general que va participar tres temporades en el poder, es van caracteritzar pel regnat del territori pel gran endeutament que va patir el país. El general Lilís, com era conegut el general Heureaux, va hipotecar l’economia del país al tancar el Banc Nacional i concedir el control de l’hisendat públic a l’empresa nord americana San Domingo Investment Company.
L’auge de l’industria del sucre al sud del país, es va produir al fugir els hisendats cubans de les guerres d’independència i establir plantacions de canya de sucre a la República Dominicana. I això va servir per revitalitzar la caòtica trajectòria econòmica del país, però el començament del segle XX va destacar per formar una nova dècada de convulsió política.