Aunque la autora aspira a diseccionar una realidad del momento (la decadencia de la nobleza de la Galicia rural), en la composición de la novela se aprecia una estructura muy elaborada, siguiendo el principio de composición propio de las novelas de Zola.
Si hay que relacionar la novela con un subgénero narrativo, este sería el de la novela de crecimiento o bildungsroman, consistente en el paso a la madurez mediante el conocimiento del fracaso o de las partes más negativas de la vida que pasan a ser conocidas por un protagonista que va perdiendo su inocencia.
La publicación de LPdU y de su continuación (La madre naturaleza), obligaron a la autora a trazar al final de cada parte un clímax para mantener el interés del lector. Por ello, cerró con una siniestra anticipación el último capítulo del primer volumen, en que “unas pisadas recias” y un “crujir de botas flamantes” interrumpieron las oraciones de Nucha que precedieron a su elíptica consumación del matrimonio. El último capítulo del segundo volumen acabó con el retorno de Julián a los Pazos diez años después de los hechos narrados.
Además, los viajes de Julián al valle crean sensación de unidad: cada vez, Julián se cruza con la tosca cruz, que es signo premonitorio de la muerte en el cap. I; en el VIII es el marco del frustrado asesinato de Julián por parte de Primitivo, mientras que es un instrumento de justicia divina en el cap. XXVIII cuando en ese camino se produce la muerte violenta del mayordomo. Es al lado del crucero donde se exhibirá el cadáver de Primitivo.
La acción del primer volumen (I-XI) tiene un tiempo interno de un año (1866, la llegada de Julián a los Pazos, hasta agosto de 1867, fecha de la boda de Nucha con don Pedro). Esta primera parte de la obra responde al modelo realista que había sentado Balzac en sus novelas de costumbres, en que se oponía el campo y la ciudad. Así, la novela de Pardo Bazán transcurre en dos espacios que contrastan entre sí: los Pazos (I-VIII) y Santiago (IX-X). El primer bloque empieza con el tópico romántico del viajero que llega a un lugar desconocido, y está flanqueado por dos escenas de violencia naturalista: Perucho disputando el rancho a los perros, y Sabel golpeada por el marqués.
En este primer volumen, Julián primero conoce los espacios interiores de los Pazos, para luego ir ampliando su visión hacia los exteriores, donde conoce los poderes fácticos de la región, así como la inminencia de la Revolución. En este sentido, es importante el banquete de la rectoría de Naya, donde el clero y las fuerzas vivas de Cebre contrastan sus opiniones en una escena que anticipa el enfrentamiento político. Allí aparecen mencionados los caciques Barbacana y Trampeta, cuyo control de la población queda señalado durante toda la novela. En ese banquete Julián es señalado como diferente (por su desconocimiento de los poderes ocultos de la región y por su candidez) y es aludido con una broma que anticipa el rumor que sobre él se lanza en la segunda parte de la novela.
En Santiago, la acción de descubrimiento de Julián es más pausada, ya que el joven sacerdote conocía al tío de Pedro Moscoso (su madre había sido su ama de llaves). Las escenas en que el marqués debe decidirse por cuál de las hijas de su tío será su futura esposa dominan este apartado, aunque el protagonismo progresivo de Nucha debido a su conexión silenciosa con Julián empezará a ser importante en esta parte.
En el segundo volumen, la duración interna es de un año también, a la que hay que sumar una década de sucesos públicos y privados. Hay un pequeño anacronismo en la novela, ya que el regreso de Julián en el capítulo XII se debería producir en 1867, y según la autora al poco tiempo estallará la Revolución del 68, cosa imposible. A partir de aquí, la cronología es clara: Nucha y don Pedro vuelven a los Pazos en el 69, Manolita nace a finales de este mismo año, las elecciones tienen lugar en junio del 70 y poco después, Julián es expulsado de los Pazos.
Esta segunda parte es mucho más psicológica y simbólica. Domina en ella el contraste entre la desolación del mundo adulto y la relación inocente entre ambos niños, Perucho y Manolita, cuyo nacimiento convierte la vida en los Pazos en una tragedia doméstica. Diversos acontecimientos de la vida local acompañan el paso del tiempo: las visitas del médico, del juez, al arcipreste de Loiro y al castillo de Limioso. Los meses invernales son ilustrados con las historias de las amazonas galaicas, la echadora de cartas, los perros que ventan la muerte, l pesadilla de Julián, la leyenda de la Santa Compaña. La tertulia de cazadores y el día de caza tan poco propicio para Julián finalizan ese tiempo de pausa.
Las marcas moradas en las muñecas de Nucha son descubiertas en la época de las elecciones, desarrolladas en tres capítulos en que lo público y lo privado se alternan. La novela se cierra con la escena del cementerio, diseñada como un triángulo en cuyos vértices se sitúan las tumbas de Primitivo y Nucha, la melancolía de Julián y las risas de Perucho y Nucha. En esa imagen se señala con eficacia el pasado, el presente y el futuro de los Pazos.
El narrador de la novela es omnisciente, que interpreta los hechos desde la mirada de algunos personajes de la novela. Su conducta no es uniforme: opina, a veces es distante y a veces muestra entusiasmo ante lo que cuenta. Suele tomar partido, siempre desde una posición aristocrática y católica y con voluntad de desterrar errores. Sus portavoces son Julián y Nucha.
El punto de vista dominante es el de Julián, protagonista y testigo en ese mundo hostil que va descubriendo junto al lector. Por tanto, el narrador entra en un juego de perspectivas que suele coincidir con el de la autora. Así, raramente el narrador transmite el punto de vista de Nucha, sumisa y autoanulada; ni de Primitivo, personaje malvado.
La técnica que usa el narrador para fundirse en el punto de vista de sus portavoces es el estilo indirecto libre (integración en la voz del narrador de los rasgos lingüísticos de los personajes). Por eso hay tantos cambios de registro: diminutivos, coloquialismos, galleguismos, imitación de cierto estilo cervantino en algunos inicios de capítulo…
Y es que los personajes se definen por su forma de hablar: Julián suele saltar de una voz doctrinal a expresiones de entusiasmo casi femeninas. El marqués resalta su ffalta de formación mediante expresiones bruscas y malsonantes. Primitivo es siempre muy lacónico. De esta manera, con un narrador que toma múltiples voces, la autora parece intentar su propósito realista y naturalista: la captación de un mundo poliédrico y conflictivo.