Després del sollevament militar es produeixen a les nostres contrades reaccions violentes de les esquerres més radicals: la crema de convents i d’esglésies i l’assalt a seus de partits de dreta inicien una etapa de difícil convivència social, amb fets greus. Aquest clima de violència torna a reaparèixer el maig de 1937, però aquesta vegada com a fruït de les desavinences entre anarquistes i socialistes. El fenomen anarquista es veié afavorit en aquestes comarques per la forta presència dels jornalers del camp, així com per la debilitat del socialisme. Un antecedent greu dels fets de Maig són els incidents de la Fatarella del 25 de gener de 1937 que, en essència, són la continuació a l’oposició a les col·lectivitats als pobles de l’Ebre. Les repercussions d’aquests esdeveniments foren immenses a tot Catalunya. El més important fou la dissolució de les conselleries municipals de Defensa i Seguretat Interior que suposava la desaparició de les milícies i el control de l’ordre públic per les forces polítiques ordinàries, cosa que reduïa notablement el poder de la CNT
Després dels Fets de Maig, el govern de Madrid, per combatre el desordre en la reraguarda catalana, va enviar tropes des de Castelló, que hagueren de vèncer una certa resistència per part dels anarquistes a Tortosa, Móra d’Ebre i Amposta, els quals, finalment, foren detinguts o fugiren i alguns, fins i tot, foren executats.
El mateix any 1937 la guerra arriba a les nostres terres. La posició estratègica del territori crida aviat l’atenció dels sollevats: la seva idea era partir el territori republicà en dues parts. Això explica els primerencs bombardejos de Flix (la primera població de l’Ebre bombardejada la nit del 23 al 24 de febrer de 1937) i Tortosa el 26 i que, l’any següent, l’exèrcit franquista baixés de l’Aragó fins a la mar, a l’alçada de Vinaròs i Benicarló, després de bombardejar tot el territori que anava ocupant. A continuació es dirigeix capa a València a i Barcelona. Per la part catalana s’estabilitza el front al mateix riu Ebre durant nou mesos.
A partir de 1937 alguns indicis apuntaven que la situació aniria empitjorant per moments damunt de la gent de les Terres de l’Ebre: les targetes de racionament, l’extensió de la mobilització, els refugiats, etc.
El juliol de 1938 s’inicia una important contraofensiva republicana que portarà a la famosa batalla de l’Ebre. Les tropes franquistes van aguantar l’escomesa republicana i les nostres terres es convertiran en l’escenari de la batalla més cruenta de tota la guerra, amb una especial incidència a la comarca de la Terra Alta, després del pas del riu pels republicans el 25 de juliol, quan establiren una línia d’atac de les muntanyes de la Fatarella a Villaba dels Arcs, Gandesa, la Serra de Cavalls i la serra de Pàndols. El 3 d’agost el front tenia un desenvolupament lineal d’uns 35 km. L’avanç republicà a la dreta d l’Ebre el feren forces del quinzè cos de l’exèrcit per Riba-roja, Flix i Ascó i del cinquè cos, per Miravet i Benifallet. Es féu un ràpid avanç, però els exèrcits franquistes el deturaren a la Pobla de Massaluca, Villalba i Gandesa. El mateix Franco venia cada dia des d’Alcanyís i dirigia la controfensiva des del Coll del Moro. El 17 de novembre s’evacuava Flix per part dels republicans i amb això la guerra continuaria ja a l’altra banda del riu, fora d’aquestes comarques. En la reculada hom va volar el pont de Móra d’Ebre, centre de comunicacions i avituallament dels republicans fins aleshores. A la batalla de l’Ebre hi moriren uns 50.000 homes, d’ells prop de 30.000 de la part republicana.
El 13 de gener de 1939 es rendeix la Tortosa republicana i, de seguida, van caient una sèrie de pobles de l’esquerra de l’Ebre. La guerra s’acabaria pocs mesos després.