La crisi econòmica de 1866 afectà profundament les Terres de l’Ebre, la situació s’agreujà al 67 i al començament del 68 es parlà de l’existència de misèria entre les capes populars de la població. Quan es produí el pronunciament de Prim a Catalunya es va tardar a reaccionar, principalment perquè s’estava escarmentat dels fracassos anteriors i perquè aquí predominava el federalisme i l’aixecament era simplement progressista. A partir de la derrota d’Alcolea es comencen a fer tota una sèrie de juntes revolucionàries. El 30 s’instaurà la Junta Revolucionària de Tortosa, que tindrà un caràcter fortament federalista i radical, coincidint amb la manera d’actuar d’altres juntes de la perifèria, com ara les de Reus i Barcelona. Juntes semblants sortiren en altres poblacions de la contrada.
La Junta de Tortosa prengué una sèrie de decisions que afectaren a tot el territori i ben aviat s’enfrontà a l’Església per les seves mesures anticlericals, com la prohibició de processons i actes religiosos públics i la destitució dels rectors del Perelló i Amposta. El 9 de novembre de 1868, secundant les iniciatives del govern central, va suprimir els convents de monges. El bisbe Vilamitjana va protestar enèrgicament al ministre de Gràcia i Justícia i va reclamar la devolució del Seminari que també havia estat confiscat.
En aquesta època també es produeixen el famós Pacte Federal de Tortosa i la Tercera Guerra Carlista (vegeu pàgines adjuntes). Després de l’elecció d’Amadeu de Saboia, carlistes i republicans, per diferents motius, es col·ligaran en les eleccions de principis de 1871 i, al districte de Tortosa, les guanyaran davant dels partits del govern. La reacció d’aquests serà la d’empresonar els líders i clausurar els centres respectius, però ambdós partits continuaran augmentant la seua força, com es demostrarà l’any següent, quan tornaran a guanyar les eleccions i a l’altre, quan s’implantarà la República.
Proclamada la República el 21 de febrer de 1873, els republicans tortosins restaran immobilitzats a l’interior de la ciutat a causa de la pressió carlista. Això portarà grans enfrontaments entre els mateixos republicans i l’Església. Es tornarà a revifar la Milícia Nacional. Esgotada la República per les dissensions internes, per la guerra de Cuba i es insurreccions carlistes i cantonals, bona part dels polítics hispans es decantaran per la via de la restauració dels borbons.
A la fi de 1874 les coses començaren a anar malament per als carlistes, els quals sofriren algunes derrotes importants a llocs com Masdenverge i la Sénia. Amb la restauració d’Alfons XII (desembre de 1874) molts monàrquics que donaven suport als carlistes van deixar de fer-ho, els republicans hagueren d’abandonar els ajuntaments i es va dissoldre la Milícia Nacional. Finalitzava així l’intent de renovació democràtica del país.