La guerra dels Segadors és un episodi més de la guerra dels Trenta anys en la qual s’ajunten problemes polítics (trencament amb la monarquia hispànica) amb problemes d’índole social (revoltes de les capes baixes) i econòmic. Les tropes de Felip IV de Castella arribaren a les nostres terres en la primerenca data de la tardor de 1640, passant per Alcanar i Ulldecona, els habitants de les quals mantingueren una posició prudent. El 23 de novembre entraven a Tortosa on foren acollits amb goig per les autoritats i la noblesa local. Allí el Marquès de los Vélez fou nomenat nou lloctinent de Catalunya. Les tropes castellanes ja no se n’anirien d’aquestes terres fins al juliol de 1649, moment en què Tortosa cau en mans dels francesos durant un interval d’un any i mig (fins al desembre de 1650).

Entre mig, aquests darrers havien intentat fer un intent d’assatjament de la ciutat l’any 1642 i, d’altra banda, van conquerir Ulldecona momentàniament. Tampoc no van faltar episodis de resistència catalana a les tropes filipistes com les de Xerta, el Perelló, el castell de Miravet, on les tropes felipistes sofriren un fort revés que els costà uns 500 morts quan intentaven conquerir-lo.

Entre el 1640 i 1660, la Terra Alta visqué fortes commocions en la guerra contra Castella: tots els seus pobles, excepte Horta que estava comandada per forasters, es van aixecar contra la política del comte-duc d’Olivares. El marquès de los Vélez va intimar la rendició dels pobles de la comarca i alguns feren cas (Horta, Arnes), altres sofriren atacs i execucions. La defecció d’Horta fou a causa d’un atac dirigit per Joan de Copons, cavaller santjoanista que, des de Gandesa, l’atacà amb 800 homes i la conquerí després que els seus habitants l’abandonessin. L’any 1643, novament la comarca es veié ocupada per les tropes del marquès d’Hinojosa que, procedent de l’Aragó, va assetjar i conquerir Batea. El pànic que va produir tal fet va provocar que la gent de Gandesa abandonés la vila i es dirigís de cara a Móra i altres indrets de l’altre costat del riu. L’ocupació va durar del gener al març, quan el mariscal La Mothe va recuperar el país i féu fugir els invasors vers l’Aragó. A la part de la Ribera de l’Ebre, els castells de Flix i Miravet resistiren els atacs de les tropes castellanes, gràcies a la intervenció de dit mariscal i no seria fins el 1650, quan aquestes comarques es van posar sota la tutela del marquès de Mortara, lloctinent de Felip IV.