Importar estructures moleculars 3D a OpenSim

Com importar estructures moleculars 3D a un entorn virtual OpenSim?
La següent imatge és una captura d’un món virtual  creat amb OpenSim on podem visualitzar l’estructura molècular de la clorofil·la, en primer terme, i la de la cafeïna, al fons de la imatge.

Snapshot_001

El procediment que hem seguit per a obtenir les molècules en 3D i pujar-les al món virtual, ha contemplat diverses fases:

  1. Obtenir l’estructura molecular en un arxiu en format .mol
    A la web ChemSpider hem cercat la substància química i hem descarregat l’arxiu .mol

    paracetamol
  2. Convertir l’arxiu .mol en un arxiu .dae optimitzat per a ser importat a OpenSim.
    • En primer lloc hem utilitzat el programa  SketchUp 2014 per a transformar l’arxiu .mol en arxiu .dae. Prèviament hem instal·lat l’extensió  Molecule Importer, per poder importar l’arxiu.
      El següent vídeo il·lustra el procés.[youtube width=”560″ height=”315″]http://youtu.be/erfi2crcivM[/youtube]
    • Després, per a optimitzar l’arxiu .dae, i poder importar-lo eficaçment a OpenSim, hem utilitzat el programa Blender.
      Aquí teniu el vídeo que mostra el procés seguit:
      [youtube width=”560″ height=”315″]http://youtu.be/s01ixP_SEQM[/youtube]
  3. Importar l’arxiu .dae (optimitzat) a l’entorn virtual de OpenSim. Això ho hem fet amb Firestorm Viewer. Aquest vídeo en mostra el procediment:
    [youtube width=”560″ height=”315″]http://youtu.be/ubYYVnfLULI[/youtube]

Seguint aquests passos obtenim, doncs, estructures moleculars en 3D que podem integrar en activitats d’aprenentatge planificades i desenvolupades en mons virtuals OpenSim.

Genera terrenys amb L3DT

L3DT és un generador de terrenys que podem utilitzar per a dissenyar les nostres illes de OpenSim.

L3DT standard és la versió lliure de l’aplicació que inclou les funcions bàsiques necessàries per a crear els nostres terrenys.

El següent vídeo és un tutorial força entenedor de com generar terrenys per a OpenSim.

Versió en francès del vídeo.

Nota: no he aconseguit poder pujar un arxiu .raw generat amb L3DT a l’OpenSim 0.74 (v. SoaS) però sí un terreny exportat en format .png i carregat amb el comandament “terrain load <camí i nom de l’arxiu>”.

06/02/2013 – L’article Creating terrain files with L3DT for Opensim, ofereix una guia actualitzada de com generar arxius de terreny per a Opensim.

Terrenys per a OpenSim

Una de les possibilitats que tenim a l’hora de treballar amb OpenSim (aplicació que ens permet crear un entorn virtual 3D) és la de donar forma a la nostra regió o “illa”.
Cada imatge mostra el mapa del nostre món virtual compost de 4 regions o ‘grids’.
Per a cada regió s’ha dissenyat una illa o terreny amb una perfil determinat.

mapa 1

mapa 2Accés als terrenys

Cada terreny és una imatge de 256×256, en format .png, treballada amb l’editor Gimp, que s’han pujat al servidor.
Els comandaments que han permés fer-ho són:

change region <nom de la regió>
terrain load <nom i camí de l’arxiu.png>

Això s’ha repetit per a cada una de les quatre regions (SoaS 1.1 – SoaS 1.2 – SoaS 2.1 – SoaS 2.2)

Per ajustar l’alçada del terreny de cada regió, es poden utilitzar els comandaments:

terrain multiply <valor> [on <valor> és un factor multiplicador de l’alçada].
o
terrain elevate <valor> [per augmentar (si el valor és positiu) o disminuir (si el valor és negatiu) l’alçada del terreny amb el valor especificat].

Donat que les necessitats d’ajustar l’alçada del terreny pot ser diferent segons el cas, caldrà experimentar amb els diferents comandaments i valors fins a obtenir una aparença satisfactòria.

Configurar el visor per accedir a un grid (2a part)

Cas 2: Configuració de Catznip per accedir al grid de Francogrid

  • Accedim a la pàgina de descàrregues de Catznip i ens instal·lem el visor al nostre ordinador.
  • Executem l’aplicació i comprovem com el visor no disposa de cap dispositiu per a gestionar els grids, i veiem que enllaça directament a Second Life.

  • Per modificar l’enllaç de l’aplicació haurem de fer-ho manualment.
  • Fem una còpia de la icona de l’accés directe de l’aplicació.
  • Seleccionem las nova icona amb el botó dret del ratolí i triem l’opció Propietats del menú contextual.
  • Comprovem que tenim activada la pestanya Drecera i afegirem al final del paràmetre Destinació la instrucció –loginuri <Login URI>
  • En el nostre cas, si volem accedir al grid Francogrid, el text que afegirem serà –loginuri http://login.francogrid.org

  • I premem el botó Aplica, per tal que es guardin els canvis.
    D’aquesta manera, quan executem l’aplicació l’enllaç ens portarà al grid indicat.
    Abans, però, d’Iniciar sesión hem d’introduir el nom del nostre avatar i la contrasenya.

     

Configurar el visor per accedir a un grid (1a part)

 

Per accedir a un món virtual 3D basat en OpenSim necessitem descarregar i instal·lar en el nostre ordinador un visor o client compatible, i configurar-lo adequadament amb les dades específiques de cada grid.
A la web Excelsior Station hi trobem un complert llistat de visors i les seves característiques. La pàgina Misfit’s Index of Viewer (MIV) és actualitzada periòdicament per @SargeMisfit.

El camí per aconseguir la correcta configuració del visor dependrà, doncs, del visor que elegim.

Una de les característiques asenyalades a la taula comparativa de visors de Misfit’s Index of Viewer (MIV), és el paràmetre Grid Access. El valor Manager indica que el visor permet seleccionar d’una llista a quin grid volem connectar-nos. Aquests visors també inclouen la possibilitat d’afegir a la llista altres grids, eliminar-ne o modificar-ne els paràmetres d’accés.  Altrament, si el valor del paràmetre és File Modify per poder accedir a un món virtual diferent de Second Life haurem de modificar manualment el vincle  del visor, afegint-hi l’expressió –loginuri <grid url>, on <grid url> és l’url d’accés al grid.

Veiem pas per pas que cal fer en cada un dels casos.

Cas 1: Configuració de Imprudence

Imprudence és un dels visors que ens permet seleccionar d’una llista el grid al que volem connectar-nos.

  • En primer lloc accedim a la web de Imprudence per descarregar-nos la darrera versió compatible amb les característiques del nostre ordinador i la instal·lem.
    Un cop instal·lat l’executem i accedim a la pantalla inicial.

Imprudence

  • Comencem per desplegar la llista de grids i seleccionem el món virtual al que volem entrar.
    En el cas que necessitessim incorporar un nou grid a la llista, premem el botó Grid Manager i fem clic al botó Add New Grid. Omplim el camp Grid name amb el nom del grid i el camp Login URI amb l’adreça del grid al que volem connectar-nos.

Afegir un grid al visor

En el cas d’una instal.lació en local l’adreça podria ser http://127.0.0.1:9100/ o de forma genèrica  http://Adreça_IP:Port/

A continuació premem el botó Apply i el botó OK

  • El següent pas serà identificar el nostre avatar amb el nom i cognom i la contrasenya.
    Verifiquem que tenim seleccionat el grid al que volem connecta-nos i premem el botó Iniciar sesión

  • I connectarem amb el nostre grid…

En un altra entrada comentarem què cal fer si el visor no te cap dispositiu per a la Gestió de Grids (Grid Manager).

OpenSim: Carregar l’inventari

Una manera per la qual podem guardar les carpetes i els elements del propi ‘inventari és amb els arxius IAR. Aquests arxius  també podem carregar-los en una instal.lació diferent d’OpenSim. És, doncs, una bona manera de compartir elements del propi inventari i posar-los a disposició  de qui li puguin interessar.

Els arxius IAR es guarden i es carreguen des de la consola d’OpenSim.

A la pàgina Inventory Archives del wiki d’OpenSimulator.org hi ha una bona explicació del tema.

Per dotar al nostre avatar d’algun element en el seu inventari hem realitzat la càrrega d’algun arxiu IAR. Ens ha estat de força utilitat el videotutorial d’Eduardo Rojo Sanchez, Curso de OpenSim: Cargar y Guardar inventario.

A continuació una breu indicació dels passos que hem seguit:

  1. Ens hem descarregat l’arxiu Objects_Library__large_.iar que conté diversos objectes i elements per l’inventari, i l’hem copiat a la carpeta /bin. D’aquesta manera es simplifica el camí o ruta de localització del fitxer, i l’arxiu es pot esborrar tranquil·lament un cop finalitzat el procés.
  2. Hem creat una carpeta a l’inventari d’Imma Milena i que hem anomenat /import_inventari
  3. Hem executat la següent comanda des de la consola:
    load iar <user name> <path> <password> [<filename>]

    <user name> = imma milena
    <path> = import_inventari
    <password> = el password de l’avatar
    (en el nostre cas el que li correspont a imma milena)
    [<filename>] = Objects_Library__large_.iar

Com es pot veure en la imatge, la carpeta /import_inventari conté els elements i objectes de l’inventari carregat, la carpeta /Diva’s Freebies Collection

Altres llocs que contenen arxius IAR:

inventari

OpenSim: Creació de noves regions

Seguint les indicacions del document en línia Guia para crear un OpenSim Propio usando binarios he pogut ampliar el grid de l’OpenSim local a quatre regions adjacents.

En la secció Creando nuevas regiones de la Guia para crear un OpenSim… s’explica  com crear noves regions a la carpeta /bin/Regions a partir de la que ja tenim  (en el nostre cas  a partir de l’arxiu Regions.ini).

Per tal d’aconseguir els identificadors de cada nova regió o UUIDs hem anat a l’adreça sugerida: http://www.famkruithof.net/uuid/uuidgen

Els paràmetres assignats a les diferents regions són:

la-rosaleda

la-cova

espai21

mercatcentral

A la imatge es poden veure tres illes, la terra emergent de 3 de les 4 regions creades.

regions_001

OpenSim funcionant en local!

OpenSim01

Seguint el suggeriment de Renzo Amat (@FerranMas), m’he decidit a instal·lar i provar la darrera versió de l’OpenSim en local. En aquestes primeres passes, he aconseguit que el grid funcioni. La veritat es que no ha estat difícil.

El procés seguit ha estat el següent:

Descàrrega i instal·lació del programa.

M’he descarregat l’arxiu d’instal·lació (versió 0.7.0.2) des de la web OpenSimulator.org
He creat una carpeta al disc dur i he descomprimit l’arxiu descarregat.
He executat l’arxiu opensim.exe de la carpeta /bin i he realitzat la primera configuració d’acord als següents paràmetres:

New region name:  La Rosaleda
Region UUID: he acceptat la que donava per defecte
Region location: he acceptat la que donava per defecte [1000,1000]
Internal IP adress: he acceptat la que donava per defecte [0.0.0.0]
Internal Port: he acceptat la que donava per defecte [9000]
Allow alternate ports: he acceptat la que donava per defecte [False]
External host name: 127.0.0.1
(…)
Estate owner first name:  imma
Estate owner last name: milena
Password: **************
(…)

Per a la resta de paràmetres he anat prement la tecla Return.

Amb la consola d’OpenSim oberta, he passat a realitzat el següent pas…

Instal·lació del programa client i connexió.

He descarregat Hippo OpenSim Viewer per a Windows, en concret la versió v0.6.3 LL1.23.5;
He realitzat la instal·lació i he executat el programa.
M’he identificat (primer nom, segon nom i password) i he seleccionat el Grid ‘local’.
He clicat el botó Login i sense problemes m’he trobat a la regió de La Rosaleda.

Imma Milena ha adoptat l’avatar “Ruth” que OS assigna per defecte a qualsevol nou usuari.

Algunes ajudes i guies que es poden consultar en línia: