Le 30 octobre 1988, dix ans après la terrible nuit d’Halloween au cours de laquelle treize (pas seize – une erreur mentionnée dans le film) personnes ont été assassinées, leur meurtrier Michaël Myers est toujours vivant. Gravement brûlé et dans le coma, il doit être transporté ce soir-là dans une prison fédérale, son état ne nécessitant plus un séjour prolongé à l’asile de haute sécurité de Ridgemont. Pendant le transfert, il se “réveille” et massacre les quatre infirmiers qui l’escortaient.

Dans le courant de la nuit, à Haddonfield, chez les Carruthers, une petite fille de huit ans fait un affreux cauchemar dans lequel un géant au masque blanc veut la poignarder. Fille de Laurie Strode, décédée onze mois plus tôt dans un accident de la circulation, Jamie Lloyd doit supporter les moqueries de ses petits camarades, qui lui disent que son oncle est le croquemitaine. Apprenant que l’on a transféré le tueur sans le prévenir, le docteur Samuel Loomis, largement handicapé lors de l’explosion de l’hôpital d’Haddonfield, vient prévenir ses supérieurs du danger que représente Myers. Il est trop tard : l’ambulance de transfert est retrouvée en contre-bas d’un pont, et malgré les certitudes de la police (qui affirme que le prisonnier a dû être ejecté lors du choc), Loomis est persuadé que c’est son ancien patient le véritable “accident”. Myers s’est enfui pour achever le meurtre de sa famille : il compte maintenant tuer sa nièce. Le docteur et l’assassin se retrouvent face à face dans une station-service sur la route d’Haddonfield. Michaël vient de tuer un mécanicien (pour lui voler sa combinaison) et la serveuse du restaurant routier, et il s’enfuit au volant d’une dépanneuse en faisant exploser les pompes à carburant, ainsi que la voiture de Loomis, lequel doit faire du stop pour rejoindre Haddonfield