Des de la costa del Sahara Occidental i fins a uns trenta quilòmetres cap a l’interior, es deixa sentir la influència del mar amb un clima agradable que, poques vegades, en ple estiu, puja de trenta graus centígrads. Aquest clima litoral es diferencia notablement del clima de l’interior, on s’accentuen notablement les temperatures a mida que es allunyem de la costa. A l’interior, les temperatures màximes absolutes diürnes han registrat cinquanta i cinquanta i cinc graus centígrads. La característica essencial del clima del Sahara Occidental és la gran oscil·lació termomètrica entre el dia i la nit en totes les estacions. No és estranya una oscil·lació de vint-i-cinc graus centígrads en un dia. Si durant les hores de calor es pateixen temperatures sufocants, las nits son fredes i humides.
La manca de pluges es deu a la alta pressió subtropical. Les masses d’aire han perdut la major part del seu vapor després de viatjar damunt llargues distàncies damunt del continent. Així, la manca de vapor d’aigua fa que un 90% del calor del sol arribi fins el sòl.
El Sahara Occidental es troba sota la influència dels vents alisis, de procedència marítima. L’alisi bufa sempre del N-NE embrutant l’atmosfera, a causa de la pols transportada en suspensió pel vent responsable dels fenòmens d’erosió que s’observen en el sòl del desert. El vent, al convertir-se en vendaval i arribar a una velocitat superior als cinquanta quilometres por hora, colpeix les plantes i es la causa de l’esterilitat del desert. L’alisi provoca poques pluges ja que al penetrar en el continent s’escalfa i es seca a mida que avança cap el Sud. A la zona meridional del Sahara Occidental també bufa el contraalisi cap el N-NE, direcció de la que ve l’alisi.
A més a més d’aquests vents constants, hi ha també un vent variable, típic del desert: el siroco o irifi. És un vent càlid i violent que bufa de l‘Est o del E-SE, de una extraordinària sequera, produït per l’establiment de baixes pressions en la zona costera o a les rodalies de les illes Canàries. El siroco arriba als seixanta quilometres per hora, encara que bufa poques vegades i no sol durar més de dos o tres dies, però resulta molt molest i perjudicial per la seva elevada temperatura i les masses de pols i sorra que arrossega.