Davant la proximitat de les tropes napoleòniques, el 29 de maig de 1808 es produeix un aixecament a Tortosa que prendrà com a primera mesura l’enviament de voluntaris a ocupar el castell de Sant felip al Coll de Balaguer, clau geoestratègica de defensa de la zona. També es va nomenar una Junta de Salvació i defensa per prendre mesures, la primera de les quals va ser recaptar cabals per preparar la defensa d’aquestes terres.

El 7 de juny, quan els francesos entraren pacíficament a Tarragona, esclatà a Tortosa un motí popular que acabà amb el governador militar del corregiment i el seu assessor, creient que conspiraven contra els patriotes. Aquests motins, comuns en començar la guerra, reflectien també els desajustos socials i econòmics del moment. Després de la creació de la Junta Superior de Catalunya (18 de juny de 1808), la Junta de Defensa tortosina intentà coordinar els esforços de la gent del territori. El desembre de 1809 són enviades deu companyies de paisans per socórrer Girona que estava assetjada (2 d’Ulldecona, 5 de Tortosa i les altres formades per gent del Perelló, Tivenys, Alcanar i la Sénia).

Aquell mateix any, Ferran Navarro, regidor tortosí és elegit diputat per a les corts de Cadis i comencen els preparatius de Suchet per conquerir la capital, plaça forta i clau de les comunicacions entre València, Catalunya i Aragó. Suchet vol fer el mateix que faria Franco al segle següent separar Catalunya de València. Suchet va establir el seu quarter general a Móra, que disposava de duana fluvial des del segle XVIII.

A la fi, el 2 de gener de 1811, Tortosa va capitular. Entre mig s’havien produït algunes topades importants entre les tropes napoleòniques i els patriotes. Cal destacar, entre d’altres, la batalla d’Ulldecona. L’ocupació va ser dura i el territori, sobretot el muntanyós, era poc segur per als francesos. Capitostos guerrillers com Josep Rambla i el seu lloctinent Bernat Borràs mai van deixar de fustigar els francesos. A la Terra Alta es produïren topades i morts a diferents indrets (Bot, Caseres…)

Napoleó incorporà Catalunya i algunes terres de la Franja a França. Tortosa fou eliminada com a corregiment i incorporada al departament de les Boques de l’Ebre, on fou considerada com a cap del districte o arrondissement de Tortosa amb la següent divisió: Tortosa-est, Tortosa-oest, Batea, Móra d’Ebre i Ulldecona.

Des del juliol de 1813, Suchet anirà retrocedint en direcció a França i només deixarà alguns punts amb guarnicions, cas de Tortosa, la qual no serà abandonada fins després de l’armistici Suchet-Wellington, ja en ple any 1814.